Random oligo generator - scrambled DNA sequence

핵산 실험이나 디자인을 하다 보면 무작위 올리고 시퀀스가 필요할 때가 있습니다.
다른 목적으로 만든 함수 몇개를 합쳐 GC염기 조성비율(30-90%)과 길이 (3-1000nt)의 값을 바꿔 랜덤 DNA squence 를 만들어 주는 간단한 웹기반 도구를 만들었습니다.
덧붙여 무작위로 생성된 염기배열의 GC content (%)와 녹는점 (Tm, °C)를 보여줍니다.
사용법은 매우 간단하므로 생략하겠습니다. 아래 그림이나 위의 링크를 클릭하시어 사용하시면 됩니다.

(미리보기 - 브라우져 마다 다를 수 있음)
저작자 표시
신고
Posted by - k3mi5t
TAG DNA, oligo, random

댓글을 달아 주세요

mkwak.org

Diary 2011.03.29 12:02 |
http://mkwak.org


몇 주전 도메인 등록!
페이지에 이미지가 많은 것이 싫어서 대문만 딱 두장 이미지가 가득하게 만들었다.
가지고 있는 그림파일들로 구글 피카사의 '콜라쥬' 기능 이용.
시간 대비 효과가 그럭저럭 쓸만한 듯..



 
신고
Posted by - k3mi5t

댓글을 달아 주세요

reference 작성할때 자주 보는 저널들이야 축약형 이름을 알고 있지만.. 아무래도 애매하거나 모를 때가 더 많습니다.
머리도 식힐겸 가지고 있는 데이터를 이용하여 뛰어나지는 않지만 그럭저럭 쉽게 쓸 수 있는 검색툴을 (2010년에) 만들어 봤습니다.
[사용법]
http://mkwak.org/abbr/ 
먼저 위에 주소를 클릭하시고, 아래 그림에 보시는 대로 위의 동그란 버튼에서 원하는 데이터명을 고른 후, 활성화된 폼에 찾고자하는 저널의 full name 을 천천히 타이핑 하시면 됩니다.
마우스나 커서키로 원하는 데이터를 선택하고 나면 (click or enter) 짧은 이름이 가장 오른쪽에 채워집니다.
etc 를 선택하면 더욱 광범위한 학술저널들의 서치가 가능합니다.
full name 에서 축약형, 축약형에서 full name 의 전환도 가능합니다 - 좌측의 하늘색 텍스트를 클릭하세요.
(스크린샷은 약간 다를 수 있습니다)
신고
Posted by - k3mi5t

댓글을 달아 주세요

고되고 지루할 수도 있는 연구를 하다가 잠깐이나마 재미를 찾을 수 있는 일에 대하여 한번 독백체로 적어봅니다.

내가 속해있는 연구그룹에서 최근 4-5년간 한 일들중 하나가 마이셀을 만드는 일인데..
마이셀은 둥그렇게 생긴 부드드러운 나노입자이다.
뭐 대략 아래와 같이 생겼다. DNA가 붙어 있어 무척 똑똑한 작은물체라는 것이 그 핵심이다.

전임자가 열심히 일하고, 나도 어느정도 기여하게 되어 2009년말경 리뷰를 하나 내게 되었는데..
간과하고 있던 것이, 사람들의 이목을 끄는 커다란 이미지를 하나 덧붙이는 일이었다.

밥먹고 나서 그림을 귀엽게 잘 그리는 나의 학생과 그리고 마님과 함께 식탁머리에 앉아 이런저런 브레인스토밍 (thanks to Jeewon). 역시 핵심은 암세포를 찾아서 죽여주는 마이셀.

그리하여, 구글 스케치업으로 이런저런 오브젝트들을 다운받고 그려내어 이런 것을 만들었다.

그냥 분자들만 있으면 심심하니.. 상상력을 좀 더하고..

좀 더 꾸며주면..

이정도면 그럴듯 하다. 이것 외에도 다른 버젼들이 여럿 있다. 여기선 주사기 든 아이가 주인공이고, 아가씨 마이셀, 특색없는 아이들, 글래디에이터, 야구방망이 든 깡패.
이름하여 Mr. Micelle - 그림들이 나의 창조물이니 남성으로 붙였다.

미스터 혹은 미스 마이셀들을 한데 모으고 포토샵의 대가인 이태리 아이의 도움을 받아.. 아래 최종 결과물 완성 (Special thanks to Alessio).
암덩이를 찾아 맞서 싸워주는 마이셀부대들 귀엽지 아니한가!

그리고 다른 저널에 낼때, 벼락맞아 버닝하는 놈을 만들어 봤다.
배경 황무지는 2005년에 네바다사막서 직접 찍은 사진.

요건 조그맣게 쓰인 우주왕복선 탑승햏.


보다시피 창의력은 유치한 상상력에서 시작 :)

하지만 주의할점은, 연구 내용에서 벗어난 너무 과한 표현은 퇴짜를 맞는다 :-(
신고
Posted by - k3mi5t

댓글을 달아 주세요

  1. BlogIcon 2010.12.07 07:42 신고 Address Modify/Delete Reply

    ㅋㅋㅋㅋㅋㅋㅋㅋ너무 귀엽네요!

  2. yjhong 2011.08.01 21:43 신고 Address Modify/Delete Reply

    표지 너무 멋있습니다.

  3. BlogIcon 유쾌한삶 2012.07.05 11:53 신고 Address Modify/Delete Reply

    오 멋지십니다. 멋져요 ..

In this post, it is described how to analyze a gel image based on intensity and electrophoretic mobility of the gel bands.

Softwares needed: imageJ (http://rsbweb.nih.gov/ij/), image processing S/W (e.g. photoshop), spreadsheet (e.g. excel) or calculator.

(1) Prepare a gel image you want to analyze (Fig.1).

Figure 1. A gel image from camera. Lane1 and 2: reference 11mer oligonucleotide(ODN) and chemically modified 11mer to lower the electrophoretic mobility, respectively. Lane 3-4: hybridized with single-base mismatch sequence at the second 5'-end. Lane 5: hybridized with noncomplementary sequence.


(2) Open the image in imageJ.
(3) Select a rectangular area which vertically covers the area you are interested in (Fig.2).
(4) Then select "Analyze > Gels > Select First Lane" in imageJ's menu. Number 1 will appear on the image.

Figure 2. Select a rectangular area


(5) Move the selection to the next lane by dragging the rectangle. Then select "Analyze > Gels > Select Next Lane". The next number will appear on the image.
(6) Repeat no. 5.
* Do not contain any whitehole, brighter area cause by residual staining dye shown on out-left of lane 5, while selecting the lane. Selecting the defect will induce errors in the analysis.

Figure 3. Identify next lanes.


(7) In the menu, select "Analyze > Gels > Plot lanes". This will produce new image (Fig.4). Inverted gel images may look different.

Figure 4. Plotted lanes in order of selected lanes. The left is upper part of the gel selection. Intenser band will make deeper valley on each section.


(8) Open the plotted image in an image processing software; Adobe photoshop was used here. Make the color profile to RGB mode and make new layer.
* If you are only interested in electrophoretic mobility, measuring distance from side edges will just do.
(9) Using pencil tool or paint bucket, color the bands of your interest (Fig.5)

Figure 5. Coloring a band in photoshop.


(10) Repeat no. 9 on other bands using different colors (Fig.6).

Figure 6. Coloring bands in different colors.


(11) Make the colored layer visible only.  Export as a GIF image (Save for Web & Devices in photoshop is easier) (Fig.7). While exporting, check if the exporting format is gif and the number of colors are larger then that of above image.

Figure 7. Exported GIF image.

(12) Open image area analyzer (http://mkwak.org/imgarea/), and upload the gif image. You will see the result in a second (Fig.8).

Figure 8. Analysis of area upon colors.

(13) Calculate the area to extract some meaningful numbers (Fig.9).

Figure 9. Analysis of the area vs. mobility.

(14) Analyze the result.

Conclusion
Single-base mismatch sequences (lane 3-4) hybridized in different conditions exhibit 63-70% hybridization while a noncomplementary sequence (lane 5) has much lower (27%) binding. One needs to perform same experiment with fully matching complementary sequence to conclude this result.
신고
Posted by - k3mi5t

댓글을 달아 주세요

티스토리 툴바