In this post, it is described how to analyze a gel image based on intensity and electrophoretic mobility of the gel bands.

Softwares needed: imageJ (http://rsbweb.nih.gov/ij/), image processing S/W (e.g. photoshop), spreadsheet (e.g. excel) or calculator.

(1) Prepare a gel image you want to analyze (Fig.1).

Figure 1. A gel image from camera. Lane1 and 2: reference 11mer oligonucleotide(ODN) and chemically modified 11mer to lower the electrophoretic mobility, respectively. Lane 3-4: hybridized with single-base mismatch sequence at the second 5'-end. Lane 5: hybridized with noncomplementary sequence.


(2) Open the image in imageJ.
(3) Select a rectangular area which vertically covers the area you are interested in (Fig.2).
(4) Then select "Analyze > Gels > Select First Lane" in imageJ's menu. Number 1 will appear on the image.

Figure 2. Select a rectangular area


(5) Move the selection to the next lane by dragging the rectangle. Then select "Analyze > Gels > Select Next Lane". The next number will appear on the image.
(6) Repeat no. 5.
* Do not contain any whitehole, brighter area cause by residual staining dye shown on out-left of lane 5, while selecting the lane. Selecting the defect will induce errors in the analysis.

Figure 3. Identify next lanes.


(7) In the menu, select "Analyze > Gels > Plot lanes". This will produce new image (Fig.4). Inverted gel images may look different.

Figure 4. Plotted lanes in order of selected lanes. The left is upper part of the gel selection. Intenser band will make deeper valley on each section.


(8) Open the plotted image in an image processing software; Adobe photoshop was used here. Make the color profile to RGB mode and make new layer.
* If you are only interested in electrophoretic mobility, measuring distance from side edges will just do.
(9) Using pencil tool or paint bucket, color the bands of your interest (Fig.5)

Figure 5. Coloring a band in photoshop.


(10) Repeat no. 9 on other bands using different colors (Fig.6).

Figure 6. Coloring bands in different colors.


(11) Make the colored layer visible only.  Export as a GIF image (Save for Web & Devices in photoshop is easier) (Fig.7). While exporting, check if the exporting format is gif and the number of colors are larger then that of above image.

Figure 7. Exported GIF image.

(12) Open image area analyzer (http://mkwak.org/imgarea/), and upload the gif image. You will see the result in a second (Fig.8).

Figure 8. Analysis of area upon colors.

(13) Calculate the area to extract some meaningful numbers (Fig.9).

Figure 9. Analysis of the area vs. mobility.

(14) Analyze the result.

Conclusion
Single-base mismatch sequences (lane 3-4) hybridized in different conditions exhibit 63-70% hybridization while a noncomplementary sequence (lane 5) has much lower (27%) binding. One needs to perform same experiment with fully matching complementary sequence to conclude this result.
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Posted by - k3mi5t

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Origami DNA - Paper Model

Clip 2010.09.29 09:33 |
Double-stranded paper model of 10 basepairs of DNA.

How to make Origami DNA
1. Download PDF and print the file.
2. See instruction or video.
3. Fold it!

For people who can not open the video above due to copyrights:  Origami DNA - Paper Model (NO BGM)

When you connect a few models in serial, for example with staples or tapes, to build long strands, it looks like this....

Adapted from Yen, T., 1995, Make your own DNA. Trends in Biochemical Sciences, 20: 94.

See also a related link:
http://www.dnai.org/teacherguide/guide.html

Copyleft All Rights Opened, 2010 Minseok Kwak
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  1. BlogIcon 유쾌한삶 2012.07.05 11:48 신고 Address Modify/Delete Reply

    실제 DNA origami design하실 때, 종이를 접어서 하시나용? ㅋㅋ 궁금해서요~

GFP vector image

Chemistry/drawing 2010.09.27 13:12 |
A vector drawing of Green Fluorescent Protein (GFP).
Protein database 1GFL was modified and exported to different formats; GIF, PNG, SVG, and PPT.

All files are free to use. Please leave me a comment if you are very kind.
퍼가실 때는 상큼하게 덧글만 남겨주세요.

GIF download - Save as...
PNG download - Save as...

For people looking for GFP gene sequence....
http://www.colorado.edu/mcdb/MCDB1151/indproj/gfpseq.html
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나노테크놀로지 - Nanotechnology (NT) 라고들 하는데 도대체 얼마나 작은 사이즈 인지 이해할 수 있도록 해주는 예들이 비주얼하게 나와 있습니다.
 
BBC 뉴스 보다가 설명이 잘 되어 있는게 있어 퍼왔습니다.

맨 아래 직접 동영상을 플레이 해도 되고, 아래 사이즈별 캡쳐 화면을 봐도 됩니다.

--------------------------------
BBC 사이트에 올라온 Tony Ryan 교수의 나노미터에 대한 동영상입니다.
번역은 의역입니다.
--------------------------------


여기 보시는 이 피자가 1 m 입니다.

가로로 10등분하면 10 cm 의 조각이 되죠.

다시 10등분 하면 여러분 쓰시는 볼펜의 두께 정도가 됩니다. 이것이 1 cm.

다시 10개로 나눈다면 신용카드 굵기인 1 mm 가 됩니다.

이보다 작은 길이 혹은 크기를 보기 위해 우리는 현미경을 사용해야 합니다.
뿅~~

이것이 우리의 머리카락, 그 굵기는 1 mm 의 1/10 인 100 micrometer(µm) 입니다.

이제 그 크기가 정말 작아집니다.
다시 머리카락의 1/10 크기에 해당하는 것은 우리 혈액에 가득 있는 적혈구의 직경입니다.

더 작게 1µm에 비교할 만한 것은 대장균 박테리아 (E.Coli)의 길이입니다.
우리 뱃속에 수도없이 많이 존재합니다.

그것의 1/10 은 이제 nanometer(nm)의 영역입니다.
HIV 바이러스의 크기는 100 nm 입니다.

이것을 다시 10등분하면 10 nm, 바로 이전에 보았던 적혈구내에 존재하는 산소 운반의 역학을 하는 단백질, 헤모글로빈의 크기입니다.

마지막으로 1 nm 에 해당하는 것은, 우리가 알고 있는 DNA 이중 나선의 한가닥에 불과합니다. 모든 세포에 존재하죠. 이것이 바로 1 nm 입니다.

이렇게 작은 단위가 수없이 모이고 모여서....

1 nm 가 10억번 반복되면, 다시 이 meterpizza의 크기가 됩니다.


============
아래는 위 이미지들을 캡쳐하는데 쓰인 원 동영상 입니다.

What is a nanometre? Professor Tony Ryan explains
- copyright BBC, UK


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  1. BlogIcon 유쾌한삶 2012.07.06 05:06 신고 Address Modify/Delete Reply

    퍼가용~

    • BlogIcon - k3mi5t 2012.07.07 06:48 신고 Address Modify/Delete

      하물며 싸이월드도 그렇게들 하는데요...
      퍼가실땐 그냥 copy&paste 가 아니라 원문 글의 링크를 걸어 주는 것이 네티켓 입니다.
      여기서 원문이란 의역글 뿐 아니라 bbc의 영문원문을 말합니다.
      저작권, 네티켓 상당히 골치아프죠 ^_^

포닭 보내줘!

Diary 2010.09.03 18:11 |

瑞西


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Posted by - k3mi5t

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