고되고 지루할 수도 있는 연구를 하다가 잠깐이나마 재미를 찾을 수 있는 일에 대하여 한번 독백체로 적어봅니다.

내가 속해있는 연구그룹에서 최근 4-5년간 한 일들중 하나가 마이셀을 만드는 일인데..
마이셀은 둥그렇게 생긴 부드드러운 나노입자이다.
뭐 대략 아래와 같이 생겼다. DNA가 붙어 있어 무척 똑똑한 작은물체라는 것이 그 핵심이다.

전임자가 열심히 일하고, 나도 어느정도 기여하게 되어 2009년말경 리뷰를 하나 내게 되었는데..
간과하고 있던 것이, 사람들의 이목을 끄는 커다란 이미지를 하나 덧붙이는 일이었다.

밥먹고 나서 그림을 귀엽게 잘 그리는 나의 학생과 그리고 마님과 함께 식탁머리에 앉아 이런저런 브레인스토밍 (thanks to Jeewon). 역시 핵심은 암세포를 찾아서 죽여주는 마이셀.

그리하여, 구글 스케치업으로 이런저런 오브젝트들을 다운받고 그려내어 이런 것을 만들었다.

그냥 분자들만 있으면 심심하니.. 상상력을 좀 더하고..

좀 더 꾸며주면..

이정도면 그럴듯 하다. 이것 외에도 다른 버젼들이 여럿 있다. 여기선 주사기 든 아이가 주인공이고, 아가씨 마이셀, 특색없는 아이들, 글래디에이터, 야구방망이 든 깡패.
이름하여 Mr. Micelle - 그림들이 나의 창조물이니 남성으로 붙였다.

미스터 혹은 미스 마이셀들을 한데 모으고 포토샵의 대가인 이태리 아이의 도움을 받아.. 아래 최종 결과물 완성 (Special thanks to Alessio).
암덩이를 찾아 맞서 싸워주는 마이셀부대들 귀엽지 아니한가!

그리고 다른 저널에 낼때, 벼락맞아 버닝하는 놈을 만들어 봤다.
배경 황무지는 2005년에 네바다사막서 직접 찍은 사진.

요건 조그맣게 쓰인 우주왕복선 탑승햏.


보다시피 창의력은 유치한 상상력에서 시작 :)

하지만 주의할점은, 연구 내용에서 벗어난 너무 과한 표현은 퇴짜를 맞는다 :-(
Posted by - k3mi5t

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  1. BlogIcon 2010.12.07 07:42 신고 Address Modify/Delete Reply

    ㅋㅋㅋㅋㅋㅋㅋㅋ너무 귀엽네요!

  2. yjhong 2011.08.01 21:43 신고 Address Modify/Delete Reply

    표지 너무 멋있습니다.

  3. BlogIcon 유쾌한삶 2012.07.05 11:53 신고 Address Modify/Delete Reply

    오 멋지십니다. 멋져요 ..

In this post, it is described how to analyze a gel image based on intensity and electrophoretic mobility of the gel bands.

Softwares needed: imageJ (http://rsbweb.nih.gov/ij/), image processing S/W (e.g. photoshop), spreadsheet (e.g. excel) or calculator.

(1) Prepare a gel image you want to analyze (Fig.1).

Figure 1. A gel image from camera. Lane1 and 2: reference 11mer oligonucleotide(ODN) and chemically modified 11mer to lower the electrophoretic mobility, respectively. Lane 3-4: hybridized with single-base mismatch sequence at the second 5'-end. Lane 5: hybridized with noncomplementary sequence.


(2) Open the image in imageJ.
(3) Select a rectangular area which vertically covers the area you are interested in (Fig.2).
(4) Then select "Analyze > Gels > Select First Lane" in imageJ's menu. Number 1 will appear on the image.

Figure 2. Select a rectangular area


(5) Move the selection to the next lane by dragging the rectangle. Then select "Analyze > Gels > Select Next Lane". The next number will appear on the image.
(6) Repeat no. 5.
* Do not contain any whitehole, brighter area cause by residual staining dye shown on out-left of lane 5, while selecting the lane. Selecting the defect will induce errors in the analysis.

Figure 3. Identify next lanes.


(7) In the menu, select "Analyze > Gels > Plot lanes". This will produce new image (Fig.4). Inverted gel images may look different.

Figure 4. Plotted lanes in order of selected lanes. The left is upper part of the gel selection. Intenser band will make deeper valley on each section.


(8) Open the plotted image in an image processing software; Adobe photoshop was used here. Make the color profile to RGB mode and make new layer.
* If you are only interested in electrophoretic mobility, measuring distance from side edges will just do.
(9) Using pencil tool or paint bucket, color the bands of your interest (Fig.5)

Figure 5. Coloring a band in photoshop.


(10) Repeat no. 9 on other bands using different colors (Fig.6).

Figure 6. Coloring bands in different colors.


(11) Make the colored layer visible only.  Export as a GIF image (Save for Web & Devices in photoshop is easier) (Fig.7). While exporting, check if the exporting format is gif and the number of colors are larger then that of above image.

Figure 7. Exported GIF image.

(12) Open image area analyzer (http://mkwak.org/imgarea/), and upload the gif image. You will see the result in a second (Fig.8).

Figure 8. Analysis of area upon colors.

(13) Calculate the area to extract some meaningful numbers (Fig.9).

Figure 9. Analysis of the area vs. mobility.

(14) Analyze the result.

Conclusion
Single-base mismatch sequences (lane 3-4) hybridized in different conditions exhibit 63-70% hybridization while a noncomplementary sequence (lane 5) has much lower (27%) binding. One needs to perform same experiment with fully matching complementary sequence to conclude this result.
Posted by - k3mi5t

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Origami DNA - Paper Model

Clip 2010.09.29 09:33 |
Double-stranded paper model of 10 basepairs of DNA.

How to make Origami DNA
1. Download PDF and print the file.
2. See instruction or video.
3. Fold it!

For people who can not open the video above due to copyrights:  Origami DNA - Paper Model (NO BGM)

When you connect a few models in serial, for example with staples or tapes, to build long strands, it looks like this....

Adapted from Yen, T., 1995, Make your own DNA. Trends in Biochemical Sciences, 20: 94.

See also a related link:
http://www.dnai.org/teacherguide/guide.html

Copyleft All Rights Opened, 2010 Minseok Kwak
Posted by - k3mi5t

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  1. BlogIcon 유쾌한삶 2012.07.05 11:48 신고 Address Modify/Delete Reply

    실제 DNA origami design하실 때, 종이를 접어서 하시나용? ㅋㅋ 궁금해서요~

GFP vector image

Chemistry/drawing 2010.09.27 13:12 |
A vector drawing of Green Fluorescent Protein (GFP).
Protein database 1GFL was modified and exported to different formats; GIF, PNG, SVG, and PPT.

All files are free to use. Please leave me a comment if you are very kind.
퍼가실 때는 상큼하게 덧글만 남겨주세요.

GIF download - Save as...
PNG download - Save as...

For people looking for GFP gene sequence....
http://www.colorado.edu/mcdb/MCDB1151/indproj/gfpseq.html
Posted by - k3mi5t

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나노테크놀로지 - Nanotechnology (NT) 라고들 하는데 도대체 얼마나 작은 사이즈 인지 이해할 수 있도록 해주는 예들이 비주얼하게 나와 있습니다.
 
BBC 뉴스 보다가 설명이 잘 되어 있는게 있어 퍼왔습니다.

맨 아래 직접 동영상을 플레이 해도 되고, 아래 사이즈별 캡쳐 화면을 봐도 됩니다.

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BBC 사이트에 올라온 Tony Ryan 교수의 나노미터에 대한 동영상입니다.
번역은 의역입니다.
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여기 보시는 이 피자가 1 m 입니다.

가로로 10등분하면 10 cm 의 조각이 되죠.

다시 10등분 하면 여러분 쓰시는 볼펜의 두께 정도가 됩니다. 이것이 1 cm.

다시 10개로 나눈다면 신용카드 굵기인 1 mm 가 됩니다.

이보다 작은 길이 혹은 크기를 보기 위해 우리는 현미경을 사용해야 합니다.
뿅~~

이것이 우리의 머리카락, 그 굵기는 1 mm 의 1/10 인 100 micrometer(µm) 입니다.

이제 그 크기가 정말 작아집니다.
다시 머리카락의 1/10 크기에 해당하는 것은 우리 혈액에 가득 있는 적혈구의 직경입니다.

더 작게 1µm에 비교할 만한 것은 대장균 박테리아 (E.Coli)의 길이입니다.
우리 뱃속에 수도없이 많이 존재합니다.

그것의 1/10 은 이제 nanometer(nm)의 영역입니다.
HIV 바이러스의 크기는 100 nm 입니다.

이것을 다시 10등분하면 10 nm, 바로 이전에 보았던 적혈구내에 존재하는 산소 운반의 역학을 하는 단백질, 헤모글로빈의 크기입니다.

마지막으로 1 nm 에 해당하는 것은, 우리가 알고 있는 DNA 이중 나선의 한가닥에 불과합니다. 모든 세포에 존재하죠. 이것이 바로 1 nm 입니다.

이렇게 작은 단위가 수없이 모이고 모여서....

1 nm 가 10억번 반복되면, 다시 이 meterpizza의 크기가 됩니다.


============
아래는 위 이미지들을 캡쳐하는데 쓰인 원 동영상 입니다.

What is a nanometre? Professor Tony Ryan explains
- copyright BBC, UK


Posted by - k3mi5t

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  1. BlogIcon 유쾌한삶 2012.07.06 05:06 신고 Address Modify/Delete Reply

    퍼가용~

    • BlogIcon - k3mi5t 2012.07.07 06:48 신고 Address Modify/Delete

      하물며 싸이월드도 그렇게들 하는데요...
      퍼가실땐 그냥 copy&paste 가 아니라 원문 글의 링크를 걸어 주는 것이 네티켓 입니다.
      여기서 원문이란 의역글 뿐 아니라 bbc의 영문원문을 말합니다.
      저작권, 네티켓 상당히 골치아프죠 ^_^

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