visible single stranded DNA

Chemistry 2009. 6. 11. 07:15 |
This is single stranded DNA chemically synthesized by AKTA oligopilot 100plus (GE Healthcare).
After the solid phase synthesis with phosphoramidites, crude mixture was purified by HPLC and then desalted. Lyophilization of the solution resulted white ribbon-like phorous oligonucleotide shown in picture (the shown tube is blue capped 50ml falcon-tube). It is hard to obtain pure solid DNA with known sequence in visible amount by eyes.
사용자 삽입 이미지

사용자 삽입 이미지

Chromatogram of the oligonucleotide (affinity column)



순수한 DNA는 무슨 색일까? 시판하는 실험용 DNA는 순백색이다. 주로 연어의 정액이나 송아지의 분비기관에서 추출한 DNA를 쉽게 비교적 싼(?) 가격으로 얻을 수 있는데, 그 염기쌍(보통의 경우 이중나선구조, double-stranded)의 대략적인 숫자만 알 뿐이지 염기 배열(sequence)은 알지 못한다.
알고있는 정확한 sequence 의 DNA를 얻기 위해서는 화학적으로 합성하거나 분자생물학적 방법을 통해 E. coli. 등의 유전자(gene)를 알고 있는 박테리아에서 분리해 낼 수 있다.
Posted by k3mi5t
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수동으로 firefox 이용해서 flv 다운받는 방법입니다.
저는 전화기에 ringtone을 만들고 싶어서 사용한 방법인데 찬찬히 따라해보니 잘 되는 것 같습니다.
asf는 글타래 만드신 분이 주소를 올려주시지 않아 테스트 해보지 못했습니다.
웹 어딘가에서 모은 정보인데 출처는 정확히 몰라 텍스트 복사해둔것을 발로 번역했습니다.

1) 음악 혹은 동영상을 flash player에서 완전히 로드할 때까지 기다립니다 (스트리밍하는 막대가 끝까지 차는것을 의미).
2) 새 탭을 열고 주소창에 about:cache 라고 입력합니다.
3) 생소한 페이지에서 Memory cache device 목록의 List Cache Entries 를 클릭합니다.*
4) flv 파일의 주소를 찾아 클릭합니다 (보통 가장 위에 위치합니다).
5) file 메뉴의 work offline 을 선택합니다.
6) 맨위의 파일 link를 클릭합니다.
7) 아래와 같은 메세지가 보일 것입니다.
The image “http://.flv” cannot be displayed, because it contains errors. That page isn’t an image. That page is your flv.
8) file 메뉴의 Save Page As... 옵션으로 바로 flv 파일을 저장합니다.
9) 5번에서 선택한 work offline 을 다시 선택하여 online 모드로 전환합니다.
10) 8번에서 저장한 flv 파일을 viewer로 보거나 온라인 변환 사이트 등에서 변환합니다. (예: FLV to MP3 Online Converter - Convert online videos to MP3 fast and free )

*역자 주)
flv가 아닌 mp3 등의 파일은 간혹 3번에서 Disk cache device 아래의 목록에 저장되는 경우도 있는데 자세한 차이점은 알지 못하겠습니다. asf가 3번의 목록에 없다면 이쪽을 한번 찾아보시는 것도 좋을듯 합니다.

원문:
The method I use requires firefox as your browser.
1.)Load the song completely in their flash player.
2.)Open a new tab and enter in the address bar ire
3.)Click on List Cache Entries under Memory cache device.
4.)Search for the address of the flv file and click on it. It is usually towards the top.
5.)Under File click “Work Offline”
6.)Click the link on this page.
7.)You should get a page that says:
The image “http://.flv” cannot be displayed, because it contains errors. That page isn’t an image. That page is your flv.
8.)Go to File and click on “Save Page As…” to save the flv file.
9.)Under File click “Work Offline” to work online again.
10.)Convert the flv to mp3 with one of those online converter sites.

Posted by k3mi5t
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Sigh=Un sospiro

Diary 2009. 5. 25. 00:11 |
아쉽다. 그립다.
역사는 올바르게 평가해 주겠지.




삽입곡은 리스트의 연주회를 위한 연습곡중 '탄식 (un sospiro)'

as the sun rose through a cloudy sky, Mr. Roh climbed a hill overlooking his native village of Bongha, on the south coast, asked for a cigarette from an unsuspecting bodyguard, and jumped off a cliff. Mr. Roh never smoked that last cigarette, because his guard did not have any. On Sunday, mourners lighted and placed cigarettes before his portraits. - from NY times http://www.nytimes.com/2009/05/25/world/asia/25iht-korea.html

구름낀 하늘에 태양이 뜨듯이 노대통령은 자신이 태어난 봉하마을이 내려다 보이는 한 봉우리에 올랐습니다, 그는 믿음직한 경호원에게 담배가 있느냐 물었습니다, 그리고는 절벽 아래로 뛰어내렸습니다.
그 경호원은 담배를 가지고 있지 않았기 때문에 노대통령은 그 담배를 피우지 못했습니다.
일요일에 조문객들은 담배에 불을 붙여 그의 초상화앞에 놓습니다.
- 뉴욕 타임즈 기사의 마지막 몇 줄에서..

Posted by k3mi5t
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Espresso

Life in NL 2009. 5. 12. 04:18 |

주말에 시내에 나갔다가 마님이 벼르시던 모카포트 구입했습니다.
17유로 정도 줬는데, 나중에 들어보니 이탈리아에선 5유로면 산다는군요 =.=;;
작은 2인용이라 가장 작은 가스구멍 위에도 올리지 못해... 없어보이게 석쇠 위에 올려 놓은 모습입니다.


시식을 해야죠? 커피에 지식이 전무라 에스프레소 노말한걸로 추천해 달라고 하여 브라질산 유기농 뭐시기를 250그람에 약 4유로 주고 갈아왔습니다.
끓인 후 따르고 있는 중입니다. 쫄쫄쫄쫄..
큰맘먹고 잔도 디자이너 브랜드로다 구입했지요. 20유로.
고릴라가 귀여워서 한눈에 들어왔답니다.


지난 토요일 저녁 저랑 같은 실험실의 디에고가 이탈리아인의 비밀 노하우 두개를 직접 보여주며 전수해 주었습니다. 어제는 실패하고 오늘은 성공했는데요..
히야~~ 저 크레마좀 보세요.. 에스프레소는 저 거품이 있어야 제맛이라고 합니다.
초콜릿이랑 함께 먹으면 더 맛나겠죠.


거의 서너모금에 비워버렸어요! 저녁 8시가 지났지만, 저는 카페인에 둔감한 체질이라 괜찮아요.

Posted by k3mi5t
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Persistence length of DNA

Chemistry 2009. 5. 11. 22:21 |
The persistence length of double stranded DNA (dsDNA) is ~ 50 nm equals 150 bp.
In ssDNA case, it is only 1.5~3 nm.

Persistence length (P): A lengthscale for polymer stiffness. The distance over which the direction of a polymer segment persists, in the time or ensemble average, owing to limited flexibility of the polymer. For DNA the persistence length is ~50 nm, i.e., ~150 bp. Chains Ł P in length require a lot of work (free energy) to bend much, yet in nucleosomes roughly one persistence length of DNA is bent in nearly two full turns.

Persistence length란 폴리머의 경직도를 나타내는 기준으로서 폴리머의 방향이 바뀌지않는 최대길이 를 의미. 쉽게 말해 dsDNA(이중겹 DNA)의 경우 150염기쌍 이하라면 경직되어 거의 곧은 구조로 생각하면 되고, ssDNA(단일겹-)일 때는 선형구조를 유지할 수 있는 길이가 고작 5~10 염기 밖에 되지 않는다는 뜻이다. 이 성질은 DNA를 센서등에 응용 가능하게 한다.

references: all over the webs and text books, 전기적 방식의 압타머 센서 2007 이정오
Posted by k3mi5t
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