사용환경

  • ubuntu 20.04 
  • Ryzen 9, nvidia RTX 2080ti

 

CUDA

# check whether driver is up-to-date
$ nvidia-smi 
Mon May  4 14:30:03 2020
+-----------------------------------------------------------------------------+
| NVIDIA-SMI 440.64       Driver Version: 440.64       CUDA Version: 10.2     |
|-------------------------------+----------------------+----------------------+
| GPU  Name        Persistence-M| Bus-Id        Disp.A | Volatile Uncorr. ECC |
| Fan  Temp  Perf  Pwr:Usage/Cap|         Memory-Usage | GPU-Util  Compute M. |
|===============================+======================+======================|
|   0  GeForce RTX 208...  Off  | 00000000:08:00.0  On |                  N/A |
| 35%   32C    P8    21W / 260W |    254MiB / 11016MiB |      0%      Default |
+-------------------------------+----------------------+----------------------+

+-----------------------------------------------------------------------------+
| Processes:                                                       GPU Memory |
|  GPU       PID   Type   Process name                             Usage      |
|=============================================================================|
|    0      1242      G   /usr/lib/xorg/Xorg                           114MiB |
|    0      1867      G   /usr/bin/gnome-shell                         110MiB |
|    0     11254      G   /opt/teamviewer/tv_bin/TeamViewer             26MiB |
+-----------------------------------------------------------------------------+

# install cuda toolkit
$ sudo apt install nvidia-cuda-toolkit

# Check your CUDA version
$ nvcc --version
nvcc: NVIDIA (R) Cuda compiler driver
Copyright (c) 2005-2019 NVIDIA Corporation
Built on Sun_Jul_28_19:07:16_PDT_2019
Cuda compilation tools, release 10.1, V10.1.243

 

gromacs (2020.2)

# first of all install prequisites
$ sudo apt install build-essential
$ sudo apt install cmake
# currently gcc version (ubuntu 20.04 by default 9) need to be old (i.e. 8) to install CUDA
$ sudo apt -y install gcc-8 g++-8
$ sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-8 8
$ sudo update-alternatives --install /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-8 8
$ sudo update-alternatives --config gcc
$ sudo update-alternatives --config g++
$ gcc --version
gcc (Ubuntu 8.4.0-3ubuntu2) 8.4.0
Copyright (C) 2018 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

$ g++ --version
g++ (Ubuntu 8.4.0-3ubuntu2) 8.4.0
Copyright (C) 2018 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

http://manual.gromacs.org/documentation/current/install-guide/index.html#quick-and-dirty-cluster-installation

# now install gromacs
$ tar xfz gromacs-2020.2.tar.gz
$ cd gromacs-2020.2
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_GPU=ON
$ make
$ make check
$ sudo make install
$ source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

 

Posted by k3mi5t
:

On Mediawiki upload module checks mime types.

OPJ extension is blocked  - actually not listed


To upload opj, edit $mediawiki/includes/mime.types

Near the end search 


chemical/x-mdl-rgfile rg


Then add opj at the end of the line like

chemical/x-mdl-rgfile rg opj


In this way you can upload opj files.

Posted by k3mi5t
:

Rocket Chat 한글 대화방

Clip 2017. 10. 28. 14:19 |

rocket chat

How to make chat room name in nonalphabetical language? or 16 byte characters like Chinese, Japanese, Korean



채팅 프로그램인 로켓챗에서 방이름을 한글로 만들고 싶을 때에는...


Administration > General > UTF8


와 같은 옵션에서


fill in UTF8 Names Validation


[ㄱ-ㅣ가-힣0-9a-zA-Z-_.]+


위와 같은 정규표현식을 넣습니다.

끝!

Posted by k3mi5t
:

DNA 오리가미 (origami) 디자인에 쓰이는 소프트웨어 사용을 위한 기초 매뉴얼을 작성하여 업로드합니다.

작성자: 유혜진 (부경대 화학과)

지도: 곽민석 (부경대 화학과)



NBS - caDNAno instruction (151119).pdf



0123456789101112131415161718


Posted by k3mi5t
:

LaTeX 맥에서 한글사용


http://kenshin579.tistory.com/entry/Latex-on-Mac 를 참조하여 오타나 버젼 정보 등을 업데이트 하였습니다.

참고로 위 블로그에서 국내 학위논문 템플릿도 내려받을 수 있습니다.


(1) 기본 tex 패키지 인스톨 - http://www.tug.org/mactex/

최신 버젼 (글 쓴날 현재 2012) MacTex 패키지(약 2GB)를 다운 받아 설치


(2) http://cl.ly/2B2f2F3f2d2H 에서 texmf 다운받아 압축을 푼 후에 폴더 자체를 라이브러리에 카피


# sudo mv texmf ~/Library/texmf 


(2) kotex 인스톨 후 기타 파일 처리

repository의 버젼을 확인(http://ftp.ktug.org/KTUG/texlive/)하여 끝에 숫자를 바꿔줍니다.

 # sudo tlmgr --repository=http://ftp.ktug.or.kr/KTUG/texlive/2012 install collection-kotex

tlmgr: package repository http://ftp.ktug.org/KTUG/texlive/2012

[1/9, ??:??/??:??] install: kotex [4062k]

[2/9, 00:12/02:31] install: kotex-base [45932k]

[3/9, 01:39/01:41] install: kotex-dev [316k]

[4/9, 01:42/01:43] install: kotex-utils.universal-darwin [9k]

[5/9, 01:44/01:45] install: kotex-utils.x86_64-darwin [5k]

[6/9, 01:45/01:46] install: kotex-utils [63k]

[7/9, 01:49/01:50] install: luatexko [471k]

[8/9, 01:53/01:53] install: xetexko [340k]

[9/9, 01:57/01:57] install: collection-kotex [1k]

tlmgr: package log updated at /usr/local/texlive/2012/texmf-var/web2c/tlmgr.log

running mktexlsr ...

done running mktexlsr.

running mtxrun --generate ...

done running mtxrun --generate.

running updmap-sys ...

done running updmap-sys.

# sudo vim /usr/local/texlive/2012/texmf.cnf

맨 마지막 줄에 아래 내용을 추가합니다.

OSFONTDIR = {~/Library/Fonts;/Library/Fonts;/System/Library/Fonts}

# sudo texhash

texhash: Updating /usr/local/texlive/2012/../texmf-local/ls-R... 

texhash: Updating /usr/local/texlive/2012/texmf/ls-R... 

texhash: Updating /usr/local/texlive/2012/texmf-config/ls-R... 

texhash: Updating /usr/local/texlive/2012/texmf-dist/ls-R... 

texhash: Updating /usr/local/texlive/2012/texmf-var/ls-R... 

texhash: Done.

# sudo updmap-sys --enable Map=kotex-base.map

# sudo updmap-sys --enable Map=kotex-extra.map

에러메세지만 안나오면 됩니다.





Posted by k3mi5t
:

생존신고

Diary 2013. 1. 4. 16:20 |

아빠훈련하느라 바쁜중

Posted by k3mi5t
:

퀵실버 끊고 알프레드 사용한지 1년 가까이 되었는데...

실험실에서도 유용하다.


시약 검색에 사용할 수도 있다는 것.




알프레드의 Preferences 에 들어가 좌측에서 Custom Searches를 선택하고 + 버튼을 누른 후 위와 같이 입력한다.

Title 과 Keyword 는 본인이 원하는 대로... Search URL 적는 곳에는 아래 내용(모두 한줄)을 넣는다.


http://www.sigmaaldrich.com/catalog/search?interface=All&lang=en&focus=product&region=US&mode=match%20partialmax&term={query}



다른 언어나 지역을 고르고 싶다면 위 문자열의 lang=en 과 region=US 를 본인이 해당하는 곳으로 수정한다.

원하는 분들은 맨 아래 아이콘을 다운받아 네모난 칸에 드래그.


Validation 란에 아무 시약이름을 적어 테스트 해본다.

테스트를 위하여 DMSO 를 검색해 본다. trigger 를 누르고 "sial DMSO" (엔터)



아래와 같이 DMSO 와 관련된 검색 결과가 출력된 사파리 페이지가 열린다.

전에 사용하던 대쉬보드 위젯보다 훨 편한듯.



Sigma-Aldrich icon [png]




 

Posted by k3mi5t
:

유기합성실험실에 3년정도 있으며 계산기보다는 엑셀을 사용하여 반응에 쓰이는 시약의 양을 계산하였다.

지난 엑셀 파일을 보니 약 150개 정도의 화학반응을 만든듯 하다. chemdraw 파일은 약 25개인데...

생각보다 열심히 한듯?! 흐흐...


엑셀로 하면 당량수 계산하여 (위 캡쳐화면에는 같은 반응을 또 돌린건지 적혀있지 않다) 출발 화합물의 양만 바꿔주면 자동계산되니 편하긴 한데...

비교적 단순하고 반복된 계산이니 별로 어려울 건 없지만...

그림은 따로 저장하고, 화학식으로 분자량 계산하는 애플릿이 따로 있었고, 무엇보다 항상 엑셀파일이 저장된 컴퓨터에서 계산해야 된다는 것이 불편한 단점들이 있었다. 



2006년에 PhD 시작하고 첫 프로젝트는 역시 합성이었다.

몇 스텝 되지는 않았지만 한 6개월은 후드에서 살았던 것으로 기억한다.

나는 한참동안 오피스 공간이 없어 실험실에서 생활했는데, 맥북을 처음 사고 Synergy로 연결하여 아직 익숙치 않은 프로그램들은 랩의 독어판 윈도우 데스크탑에서, 그리고 한글 사용이 필요한 일들은 맥북을 사용했다.

배운게 도둑질이라고... 엑셀은 어떻게 보면 테이블에 계산이 되는 프로그램이니 자바스크립트로 만들어 보자는 아이디어가 든것.




여기저기서 다운받은 스크립트를 합쳐 계산해주는 테이블을 만들었는데, 화살표나 add reactant 같은 UI 만드는데 고생을 좀 했던 것 같다.


이게 남아 있는 가장 오래된 버젼인 2008년 스크린샷인데 (이미 네덜란드로 옮긴 후다), 내 기억에 처음에는 맨 위의 엑셀과 같이 구조 그림이 없었다.

크리스 클락이 적당히 쓸만한 툴인것 같다고 평한게 기억 난다.

자바 애플릿으로 된 단 하나의 구조를 넣을 수 있게 된 것은 2007년이 아니었을까 기억하는데 확실치는 않군.


계산은 그럭저럭 오류 없이 되니, 빈 필드를 채워 계산을 하고나서 목표 화합물의 그림을 그리고 나면 molinspiration 사이트를 통해 "Pic" 을 눌러 (애플릿은 인스턴스 이기 때문에 프린트가 안됨) 프린트한 후 후드의 섀시에 붙여놓고 반응을 돌림.


그 전까지는 거의 혼자 사용하다가 네덜란드로 옮기고 나서는 같은 그룹 아이들이 좀 더 사용하기 때문에, 잘 맞지 않는 테이블도 손을 좀 보고 서버도 천리안에서 파란으로 이전하였다.

2008년 9월, chemicalforums 에 광고한 후에는 어느정도 사용자도 늘었던 것 같다, 그래야 일주일에 십수명은 되려나...

그때는 http://chem.data.pe.kr 과 http://reaction.way.to 따위의 도메인을 사용하기도...



2010년 이후로 모바일 환경과 클라우드 컴퓨팅의 바람이 불며 가능하다면 이 앱으로 논문도 쓰고 싶었고 (노스웨스턴의 oligocalc 는 Nucleic Acids Res. 에 나갔음) 펠로쉽 지원하면서 2011년에는 mkwak.org 도메인도 등록하였다.


미국으로 랩을 옮기고 나서는 새로운 곳에서는 처음에 실험결과가 그닥 잘 나오지 않을테니, 생각하고 있던 일을 실행해 보기로 하였다.

그 즈음 emolecules.com 을 통해 접하게 된 chemwriter 라는 자바스크립트를 사용한 구조 그림에 눈독을 들였다.

개발자겸 사장에게 메일을 보내 비상업적 사용을 약속으로 1년마다 갱신하는 라이센스를 받았지만...

단점은 반응을 지원하지 않고, 외부 자바스크립트와 값을 주고 받기 어려웠던 점이었던 걸로 기억한다. 하지만 개인적으로 화합물 구조의 모양은 아직도 켐롸이터가 낫다고 생각한다. 당신 아이패드 사용도 가능했지만 정확히 그리기는 쉽지 않았다.



그러다 발견한 자바스크립트 구조툴이 Scilligence 의 JSDraw이다. 무엇보다 반응을 저장할 수 있고, 업데이트가 빠른 것이 마음에 들었다.

나중에 알게 되었지만 윈도우에선 무척 느리게 돌아갔다.


일단 오랜기간 함께한 애플릿을 빼고 이넘으로 교체하는 작업은 그리 오래 걸리지 않았다.

JSDraw 만 붙여놓고 두어달 공백을 가지다가 무슨 바람이 불었는지 DB구조를 만들어 일단 저장하는 클래스 작성후...

내가 있는 연구소 wiki 에 사용한 openID 로그인을 사용하여 (무엇보다 관리를 하지 않아도 된다는 점, 그리고 anonymous가 유지된다는 점) 인증 모듈을 붙이게 되었다. 이제 생각 났는데 공백이 있었던 이유는 오픈아이디 인증을 사용하려면 curl 사용이 가능해야 되어 망설이고 있었다는 것.


그림, 인증, 그리고 간단한 UI 만드는데 주말 포함 3일 정도는 꼬박 코딩만 한듯...

약 30명에세 이메일 보냈던 1-2달의 closed test (피드백이 전혀 없음 - 잘 만들었다는 증거?! 크크) 후 정식으로 2.0 (버젼은 orgchem 의 숫자를 이어감)으로 테스트때는 JORC 라고 하였다가... 피페팅 도우미 iPipet 을 같은 랩의 중국인 포닥 친구가 지어준 후라서... numbers 에서 착안한 현재의 이름 moles로 바꾸었다 (왠지 애플빠 스러운;).




moles (http://mkwak.org/moles), 별거 아닌 한페이지 짜리 php와 javascript지만 약 6년의 역사를 가진 나름 "작품"이라 할만한 애착이 가는 놈이다.

페이지뷰는 생각보다 적어서 하루에 5-10 정도 되는 듯 하다. abbr 이나 imgarea 에 비교하면 비할수 없이 적은 숫자이다.


사용자가 많아져 DB 용량이 늘어나게 되어 기쁜 마음으로 자비를 들여 서버 증설을 하게 될 날을 기다리며...

Posted by k3mi5t
:

Random oligo generator - scrambled DNA sequence

핵산 실험이나 디자인을 하다 보면 무작위 올리고 시퀀스가 필요할 때가 있습니다.
다른 목적으로 만든 함수 몇개를 합쳐 GC염기 조성비율(30-90%)과 길이 (3-1000nt)의 값을 바꿔 랜덤 DNA squence 를 만들어 주는 간단한 웹기반 도구를 만들었습니다.
덧붙여 무작위로 생성된 염기배열의 GC content (%)와 녹는점 (Tm, °C)를 보여줍니다.
사용법은 매우 간단하므로 생략하겠습니다. 아래 그림이나 위의 링크를 클릭하시어 사용하시면 됩니다.

(미리보기 - 브라우져 마다 다를 수 있음)
Posted by k3mi5t
:

mkwak.org

Diary 2011. 3. 30. 01:02 |
http://mkwak.org


몇 주전 도메인 등록!
페이지에 이미지가 많은 것이 싫어서 대문만 딱 두장 이미지가 가득하게 만들었다.
가지고 있는 그림파일들로 구글 피카사의 '콜라쥬' 기능 이용.
시간 대비 효과가 그럭저럭 쓸만한 듯..



 
Posted by k3mi5t
:

Ajax Journal Abbreviation Search

Clip 2011. 2. 20. 09:39 |
reference 작성할때 자주 보는 저널들이야 축약형 이름을 알고 있지만.. 아무래도 애매하거나 모를 때가 더 많습니다.
머리도 식힐겸 가지고 있는 데이터를 이용하여 뛰어나지는 않지만 그럭저럭 쉽게 쓸 수 있는 검색툴을 (2010년에) 만들어 봤습니다.
[사용법]
http://mkwak.org/abbr/ 
먼저 위에 주소를 클릭하시고, 아래 그림에 보시는 대로 위의 동그란 버튼에서 원하는 데이터명을 고른 후, 활성화된 폼에 찾고자하는 저널의 full name 을 천천히 타이핑 하시면 됩니다.
마우스나 커서키로 원하는 데이터를 선택하고 나면 (click or enter) 짧은 이름이 가장 오른쪽에 채워집니다.
etc 를 선택하면 더욱 광범위한 학술저널들의 서치가 가능합니다.
full name 에서 축약형, 축약형에서 full name 의 전환도 가능합니다 - 좌측의 하늘색 텍스트를 클릭하세요.
(스크린샷은 약간 다를 수 있습니다)
Posted by k3mi5t
:
고되고 지루할 수도 있는 연구를 하다가 잠깐이나마 재미를 찾을 수 있는 일에 대하여 한번 독백체로 적어봅니다.

내가 속해있는 연구그룹에서 최근 4-5년간 한 일들중 하나가 마이셀을 만드는 일인데..
마이셀은 둥그렇게 생긴 부드드러운 나노입자이다.
뭐 대략 아래와 같이 생겼다. DNA가 붙어 있어 무척 똑똑한 작은물체라는 것이 그 핵심이다.

전임자가 열심히 일하고, 나도 어느정도 기여하게 되어 2009년말경 리뷰를 하나 내게 되었는데..
간과하고 있던 것이, 사람들의 이목을 끄는 커다란 이미지를 하나 덧붙이는 일이었다.

밥먹고 나서 그림을 귀엽게 잘 그리는 나의 학생과 그리고 마님과 함께 식탁머리에 앉아 이런저런 브레인스토밍 (thanks to Jeewon). 역시 핵심은 암세포를 찾아서 죽여주는 마이셀.

그리하여, 구글 스케치업으로 이런저런 오브젝트들을 다운받고 그려내어 이런 것을 만들었다.

그냥 분자들만 있으면 심심하니.. 상상력을 좀 더하고..

좀 더 꾸며주면..

이정도면 그럴듯 하다. 이것 외에도 다른 버젼들이 여럿 있다. 여기선 주사기 든 아이가 주인공이고, 아가씨 마이셀, 특색없는 아이들, 글래디에이터, 야구방망이 든 깡패.
이름하여 Mr. Micelle - 그림들이 나의 창조물이니 남성으로 붙였다.

미스터 혹은 미스 마이셀들을 한데 모으고 포토샵의 대가인 이태리 아이의 도움을 받아.. 아래 최종 결과물 완성 (Special thanks to Alessio).
암덩이를 찾아 맞서 싸워주는 마이셀부대들 귀엽지 아니한가!

그리고 다른 저널에 낼때, 벼락맞아 버닝하는 놈을 만들어 봤다.
배경 황무지는 2005년에 네바다사막서 직접 찍은 사진.

요건 조그맣게 쓰인 우주왕복선 탑승햏.


보다시피 창의력은 유치한 상상력에서 시작 :)

하지만 주의할점은, 연구 내용에서 벗어난 너무 과한 표현은 퇴짜를 맞는다 :-(
Posted by k3mi5t
:
In this post, it is described how to analyze a gel image based on intensity and electrophoretic mobility of the gel bands.

Softwares needed: imageJ (http://rsbweb.nih.gov/ij/), image processing S/W (e.g. photoshop), spreadsheet (e.g. excel) or calculator.

(1) Prepare a gel image you want to analyze (Fig.1).

Figure 1. A gel image from camera. Lane1 and 2: reference 11mer oligonucleotide(ODN) and chemically modified 11mer to lower the electrophoretic mobility, respectively. Lane 3-4: hybridized with single-base mismatch sequence at the second 5'-end. Lane 5: hybridized with noncomplementary sequence.


(2) Open the image in imageJ.
(3) Select a rectangular area which vertically covers the area you are interested in (Fig.2).
(4) Then select "Analyze > Gels > Select First Lane" in imageJ's menu. Number 1 will appear on the image.

Figure 2. Select a rectangular area


(5) Move the selection to the next lane by dragging the rectangle. Then select "Analyze > Gels > Select Next Lane". The next number will appear on the image.
(6) Repeat no. 5.
* Do not contain any whitehole, brighter area cause by residual staining dye shown on out-left of lane 5, while selecting the lane. Selecting the defect will induce errors in the analysis.

Figure 3. Identify next lanes.


(7) In the menu, select "Analyze > Gels > Plot lanes". This will produce new image (Fig.4). Inverted gel images may look different.

Figure 4. Plotted lanes in order of selected lanes. The left is upper part of the gel selection. Intenser band will make deeper valley on each section.


(8) Open the plotted image in an image processing software; Adobe photoshop was used here. Make the color profile to RGB mode and make new layer.
* If you are only interested in electrophoretic mobility, measuring distance from side edges will just do.
(9) Using pencil tool or paint bucket, color the bands of your interest (Fig.5)

Figure 5. Coloring a band in photoshop.


(10) Repeat no. 9 on other bands using different colors (Fig.6).

Figure 6. Coloring bands in different colors.


(11) Make the colored layer visible only.  Export as a GIF image (Save for Web & Devices in photoshop is easier) (Fig.7). While exporting, check if the exporting format is gif and the number of colors are larger then that of above image.

Figure 7. Exported GIF image.

(12) Open image area analyzer (http://mkwak.org/imgarea/), and upload the gif image. You will see the result in a second (Fig.8).

Figure 8. Analysis of area upon colors.

(13) Calculate the area to extract some meaningful numbers (Fig.9).

Figure 9. Analysis of the area vs. mobility.

(14) Analyze the result.

Conclusion
Single-base mismatch sequences (lane 3-4) hybridized in different conditions exhibit 63-70% hybridization while a noncomplementary sequence (lane 5) has much lower (27%) binding. One needs to perform same experiment with fully matching complementary sequence to conclude this result.
Posted by k3mi5t
:

Origami DNA - Paper Model

Clip 2010. 9. 29. 22:33 |
Double-stranded paper model of 10 basepairs of DNA.

How to make Origami DNA
1. Download PDF and print the file.
2. See instruction or video.
3. Fold it!

For people who can not open the video above due to copyrights:  Origami DNA - Paper Model (NO BGM)

When you connect a few models in serial, for example with staples or tapes, to build long strands, it looks like this....

Adapted from Yen, T., 1995, Make your own DNA. Trends in Biochemical Sciences, 20: 94.

See also a related link:
http://www.dnai.org/teacherguide/guide.html

Copyleft All Rights Opened, 2010 Minseok Kwak
Posted by k3mi5t
:

GFP vector image

Chemistry/drawing 2010. 9. 28. 02:12 |
A vector drawing of Green Fluorescent Protein (GFP).
Protein database 1GFL was modified and exported to different formats; GIF, PNG, SVG, and PPT.

All files are free to use. Please leave me a comment if you are very kind.
퍼가실 때는 상큼하게 덧글만 남겨주세요.

GIF download - Save as...
PNG download - Save as...

For people looking for GFP gene sequence....
Posted by k3mi5t
:
나노테크놀로지 - Nanotechnology (NT) 라고들 하는데 도대체 얼마나 작은 사이즈 인지 이해할 수 있도록 해주는 예들이 비주얼하게 나와 있습니다.
 
BBC 뉴스 보다가 설명이 잘 되어 있는게 있어 퍼왔습니다.

맨 아래 직접 동영상을 플레이 해도 되고, 아래 사이즈별 캡쳐 화면을 봐도 됩니다.

--------------------------------
BBC 사이트에 올라온 Tony Ryan 교수의 나노미터에 대한 동영상입니다.
번역은 의역입니다.
--------------------------------


여기 보시는 이 피자가 1 m 입니다.

가로로 10등분하면 10 cm 의 조각이 되죠.

다시 10등분 하면 여러분 쓰시는 볼펜의 두께 정도가 됩니다. 이것이 1 cm.

다시 10개로 나눈다면 신용카드 굵기인 1 mm 가 됩니다.

이보다 작은 길이 혹은 크기를 보기 위해 우리는 현미경을 사용해야 합니다.
뿅~~

이것이 우리의 머리카락, 그 굵기는 1 mm 의 1/10 인 100 micrometer(µm) 입니다.

이제 그 크기가 정말 작아집니다.
다시 머리카락의 1/10 크기에 해당하는 것은 우리 혈액에 가득 있는 적혈구의 직경입니다.

더 작게 1µm에 비교할 만한 것은 대장균 박테리아 (E.Coli)의 길이입니다.
우리 뱃속에 수도없이 많이 존재합니다.

그것의 1/10 은 이제 nanometer(nm)의 영역입니다.
HIV 바이러스의 크기는 100 nm 입니다.

이것을 다시 10등분하면 10 nm, 바로 이전에 보았던 적혈구내에 존재하는 산소 운반의 역학을 하는 단백질, 헤모글로빈의 크기입니다.

마지막으로 1 nm 에 해당하는 것은, 우리가 알고 있는 DNA 이중 나선의 한가닥에 불과합니다. 모든 세포에 존재하죠. 이것이 바로 1 nm 입니다.

이렇게 작은 단위가 수없이 모이고 모여서....

1 nm 가 10억번 반복되면, 다시 이 meterpizza의 크기가 됩니다.


============
아래는 위 이미지들을 캡쳐하는데 쓰인 원 동영상 입니다.

What is a nanometre? Professor Tony Ryan explains
- copyright BBC, UK


Posted by k3mi5t
:

포닭 보내줘!

Diary 2010. 9. 4. 07:11 |

瑞西


Posted by k3mi5t
:
UK English keyboard layout 에서 option 키와 option + shift 로 바로 입력 가능한 symbol.
자주쓰는 특수문자 두어개만 알아두어도 편리하다.

option


option + shift


Posted by k3mi5t
:

금구슬들

Chemistry 2010. 5. 16. 21:18 |
금나노입자, gold nanoparticle

나는 작은넘(약 5nm)만 가지고 놀다가 큰 사이즈로 꽤 많은 양이 필요하게 되었는데 500ml 주문하려면 500 파운드이상 줘야 된다고 하여, 열심히 일하는 폴란드학생 아규슈가 만들었다.
나쁜점은 예를 들어 5nm 와 20nm 콜로이드가 있을때, 직경이 4배면 부피가 64배가 되어 농도도 그만큼 감소한다.

그림은 아규슈가 찍은 전자현미경(TEM) 사진. 예쁘지 아니한가!
아래 동그라미 하나가 약 16 nm (1nm=10억분의1m)이니까, 다시 말해 1억개가 곧게 일직선으로 늘어서면 160cm 가 되는 셈.



Au NP on Mica imaged by AFM: http://chemist.textcube.com/196
Posted by k3mi5t
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Estimation of molar extinction coefficient of gold colloid or Au nanoparticles (NPs)


Nine data points (blue diamond) were collected from literatures about gold colloids.[1-6]
Polynomial fitting curve (red) shows good agreement with the reported values.

 http://www.codecogs.com/latex/eqneditor.php



Posted by k3mi5t
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