Mekentosj Solutions

Chemistry 2008. 12. 12. 00:51 |

네덜란드의 두 친구가 만든 Mac용 위젯인데, 웹툴도 있고 아이폰이나 터치용 어플도 있다.
뭐하는 놈이냐면, 여러가지 화합물이나 버퍼의 농도와 부피를 계산할 때 쓴다.
molarity (M), weight (g), volume (l), molecular weight 등을 입력해서 필요한 값을 비워놓고 오른쪽 버튼을 누르면 되는데...
몇 번 써보면 안다. 사용하기 쉽고 아주 유용하다.

간단히 웹툴로만 사용할 수 있도록 스크립트를 허락받고 훔쳐온 페이지는 바로 아래.
http://mkwak.org/Solutions/

제작자 사이트는 아래
http://mekentosj.com/widgets/solutions/


Posted by k3mi5t
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ÄKTA explorer

Chemistry 2008. 10. 16. 01:57 |
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ÄKTA explorer from GE Healthcare
1억2천5백만원 짜리 new HPLC (오늘자 환율).
돈값 하는구먼!!
전에 사용하던 같은회사의 purifier와는 비교가 되지 않는군.
샘플도 알아서 쏙! 빨아주고, 커다란 용기에 모아주니..
귀찮은 작업들이 거의 반으로 줄었다고나 할까!! 우후훗!



Posted by k3mi5t
:

vial holder

Chemistry/for chemists 2008. 9. 24. 01:55 |
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알흠다운 핸드메이드 40구 바이알 홀더!! (기계를 사용했으니 hand 보다는 self made라고 해야하나;;;)

tube holder 는 팔면서 왜 vial holder는 팔지 않는 것일까?

요 조그만 바이알들이 eppy tube 보다 약 1mm가량 두꺼워서 안전히 보관할 곳이 없었다.

너무 작아서 걸핏하면 넘어지고 -.-;;

mechanic shop 에서 버리는 아크릴 주워와서 드릴링머신으로 뚫었다.

테플론소재 8구짜리 조그만 놈도 있는데 지금 출장중.

양산된거 사면 20-30유로, 직접 주문하면 60-70 유로쯤 할텐데 디팍이랑 둘이서 15분만에 만들었군.

배도 고프고 집에나 가야지.
Posted by k3mi5t
:
하드 정리하다 보니 일반화학 1학년 학생들 가르칠때 정리해 놓은 초자들(특히 유리) 영어이름 정리해 놓은 워드 파일이 있길래 어원까지 알아보고 다시 포스팅.

beaker - 비이커

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어원은 고대 스칸디나비아 말인 bikarr, 아마도 그리스어의 bikos '마시는 그릇' 에서 기원.

desiccator - 데시케이터
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16세기 후기 라틴어 dessicat- '매우 마르게 한' 에서 기원, 동사는 desiccare.

buret (also aka burette) - 뷰렛
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19세기 중엽 프랑스어 buire '조끼(술마실때)' 에서 기원.

Erlenmeyer flask - 삼각 플라스크
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19세기 후기 독일의 화학자 Emil Erlenmeyer 의 이름에서 따옴.

graduated cylinder - 메스실린더
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합성어이므로 어원은 패스.

filtering flask - 여과 플라스크 (?)
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flask의 의 어원은 중세 라틴어 flasca '유리용기'.

density bottle - 비중병
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요것도 패스.

volumetric flask - 부피 플라스크
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역시 패스.

Hirsch funnel - 깔때기
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자세히 나와 있지는 않지만 Hirsch 는 독일에서 흔한 이름인 걸로 봐서 이름에서 따왔을 듯 하고, funnel의 경우 중세의 영어중, 보다시피, 옛 프랑스어인 fonilh '붓다' 에서 기원된 듯.

Pasteur pipet (also aka pipette) - 파스퇴르 피펫
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Pasteur는 프랑스 유명한 화학자이자자 미생물학자인 Luis Pasteur에서 기원. Pippete은 19세기말 프랑스어인 pipe '관' 에서 기원한 '작은 관'의 뜻.

separatory funnel - 분별 깔때기
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pass.

watchglass - 시계접시
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보다시피 안을 들여다 본다던가 시계처럼 둥글다 해서 이름 지어지지 않았을까?

Buchner funnel (actually Büchner-) - 거름 깔때기 (?)
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1907년 노벨상을 수상한 독일 화학자 Eduard Büchner 의 이름을 따서 지어짐. 원어는 u가 아니라 u umlaut (ü)임.

test tube -  시험관
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패스.

measuring pipet - 눈금 피펫(?)
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역시 패스.

images are from http://www.naugraexport.com
origin of words are from http://dictionary.reference.com/
Posted by k3mi5t
:
ION-ION INTERACTION (100-300 KJ/mol)

ION DIPOLE INTERACTION (50-200 KJ/mol)

DIPOLE-DIPOLE INTERACTION (5-50 KJ/mol)

HYDROGEN BONDING (4-120 KJ/mol)

CATION-pi INTERACTION (5-80 KJ/mol)

pi-pi STACKING (0-50 KJ/mol)

VAN DER WAALS FORCE (< 5 KJ/mol)

Reference: Supramolecular Chemistry, Steed and Atwood
Posted by k3mi5t
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Isotopes Table

Chemistry/for chemists 2007. 4. 13. 04:13 |
Print friendly version.
Table from Wiki.

동위원소, 찾다보니 보기좋게 정리된것이 없길래..

1 hydrogen 부터 36 krypton 까지

Posted by k3mi5t
:

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Vogel's Textbook of Practical Organic Chemistry (5th ed)

합성하는 chemist 에게는 이책이 완전 bible이다.

실험실에서 하는 거의 모든 반응이 아주 자세하게 나와 있고, 논문에서는 언급하지 않는 팁이나 잔꾀(?)를 배울 수 있다.

전에 했던 실험이 잘 안되서 처음으로 다시 돌아가 이 책으로 공부하고 다시 반응을 돌렸더니.. 마음이 든든하다.

TLC 에 관해서 몇 페이지 한글로 번역하기 시작했던 Not Voodoo 사이트도 유용한 정보가 많았던 것 같다.

Please don't ask me to send you the file.


Posted by k3mi5t
:
Not Voodoo 에서 가져온 유기(합성)화학 에 관한 전체 list

TLC 로 혼합물을 관찰/분석 하는데 문제가 있을 때의 팁(텍스트 상자) 과 Q & A,
#1: 반응 혼합물을 vial 등의 작은 스케일로 작은 물을 이용한 work-up(aqueous workup;추출 등)을 하고 유기층으로 TLC 해본다.
#2: 매우 극성 화합물의 경우, 다음을 이용한다
  • 10% 암모니아(NH4OH) in MeOH 용액의 극성 용매를 사용: 이 용매를 dichloromethane에 1-10% 혼합하여 사용한다.
  • EBAW: EtOAc/butanol/HOAc/H2O (ethanol butanol aceticacid water) 를 80/10/5/5 비율로 섞어 사용한다. (이 용매는 column chromatography 에는 사용할 수 없다)
#3: Gas Chromatography (GC) 를 사용한다.
#4: 모두 실패했다면, 반응혼합물 자체를 NMR 로 분석해본다. (물론 용매를 제거하고 NMR용매를 사용)


Problem: 반응에 높은 끓는점(b.p.)을 가진 용매(DMF, pyridine, DMSO, Amines)가 사용되었고, TLC의 점이 매우 끌린다(smear).
Solutions: 보통과 같이 TLC에 점을 찍고 초자에 넣은 후, 높은 진공(high vacuum)에 몇분간 두었다가 전개해본다, 그렇지 않으면 #1을 따른다.

Problem: 반응물과 결과물이 매우 비슷한 Rf 값을 가지고 있어 어떤 일이 일어났는지 확실히 얘기 할수도 없다. 어떻게 반응이 종료되었는지 알 수 있을까?
Solutions:
#1
: cospot 이 도움이 될 수 있다. TLC 의 점이 '눈사람' 처럼 보인다면 반응은 종료된것이다.
#2
: TLC 전개에 쓰이는 용매조건을 바꿔보도록 노력해 보자.

팁: Chromatography에 사용되는 확연히 다른 성질의 3가지 용매조건이 있다.
  • 극성/탄화수소(polar/hydrocarbon) systems (ethyl acetate/hexane; ether/petroleum ether)
  • 극성/이염화탄소(polar/dichloromethane) systems (ether/dichloromethane; ethylacetate/dichloromethane; methanol/dichloromethane)
  • 극성/벤젠(polar/benzene) systems (ether/benzene; ethyl acetate/benzene)

#3: Anisaldehyde로 TLC를 착색해 보자. 화합물이 다른 색깔을 나타낼 것이다(밝기). 때때로 발색의 차이는 molybdenium 착색에서도 볼 수 있다.

Problem: 화합물이 실리카에서 불안정한 것 같다(산에 민감한 화합물은 문제가 될 수 있다). 화합물이 실리카에서 안정한지 불안정한지 어떻게 알 수 있을까?
Solutions: 2D-TLC (2 dimensional TLC)를 통해 확인한다.
  • 정사각형의 TLC 판의 한 구석에 점을 찍는다.
  • 한쪽 방향으로 TLC를 전개한다. (모든 구성 화합물들이 세로로 늘어서게 될것이다)
  • TLC판을 90도 돌리고(늘어선 점들의 선이 아래에 위치하도록) 다시한번 전개한다.
  • 샘플이 실리카에서 안정하다면 모든 점들은 정사각형 TLC 판에서 대각선 방향으로 늘어설 것이고, 불안정하여 화합물이 분해된다면 점이 대각선 아래에 나타날 것이다.

Problem:  화합물이 실리카에서 안정하지 않다. 어떻게 반응을 정확히 관찰할 수 있을까?
Solutions: 팁 #2, #3, #4

Problem: 반응이 공기에 노출되는 것을 원하지 않는다. 반응용기를 열지 않고 TLC를 관찰하려면 어떻게 해야 할까?
Solution: 반응용기를 불활성기체가 너무 강하지 않도록 하여 셉텀(septum)을 장착하고 모세관을 일회용 주사바늘(20 gauge)에 꼽는다. 주사바늘을 셉텀에 찔러 샘플을 얻고, 불활성기체를 다시 채워주고 바늘을 빼낸다. 이런 방법으로 공기와의 접촉을 최소화 할 수 있다.

Problem: TLC 확인을 위해 모세관을 반응용기에 넣고 샘플을 채취할때, 모세괸 끝이 막혀버려 TLC판에 점을 찍을 수 없다. 불균일하거나 점도가 높은 반응혼합물일 때는 어떻게 해야 할까?
Solution: 팁 #1

Problem:내 반응이 TLC상에 줄이가 보인다.
Solutions: 이 것은 여러가지를 의미할 수 있다.
  • 분해된것 (decomposed). 그러나 이 현상만 보고 분해되었다고 단정짓지는 말것.
  • 반응물중 하나가 그럴 수 있다. : 팁#1 을 시도해 본다.
  • Product는 손상되지 않았지만 silica 상에서 불안정할 수 있다. 2D-TLC 를 해 보라(위 참고)
  • 용매가 TLC 분석에 방해가 된다. 이 글 맨 위의 문제를 참고한다.

Problem: 내 화합물이 매우 극성이어서 baseline에 나타난다. 반응이 어떻게 진행되는지 알 수가 없다.
Solutions: #2 에 언급한 여러가지 용매로 시도를 해보자. 아니면 역상TLC(reverse phase silica gel) 판을 사용해 본다.

Problem:Work-up 후에 반응혼합물의 TLC가 바뀌었다!
Explanation/Solution: 화합물이 산, 염기, 공기, 물 등에 안정하지 않을 수 있다. 혹은 work-up 도중 어떠한 반응이 일어났다. 반응을 종료하기 전에 적은 양으로 미리  work-up 하여 문제를 알아내고 해결할 수 있다.
Explanation/Solution: 어떤 시점에 알 수 없는 오염이  되었으니 정제하여 이것이 나아지는가 시도해본다.

TLC에 대한 더 많은 정보는 여기에.. http://orgchem.colorado.edu/hndbksupport/TLC/TLC.html

see also
TLC How to
Thin Layer Chromatography (TLC) Notes

The orginal text of this page is from Not Voodoo (Demystifying Synthetic Organic Laboratory Technique), and translated into Korean by Minseok Kwak.
이 페이지의 본래 내용은 위의 사이트에서 가져왔으며, 단지 이해가 쉽도록 몇가지 용어를 바꿔가며 한글로 해석하였습니다.
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:
Not Voodoo 에서 가져온 유기(합성)화학 에 관한 전체 list

그림과 함께 설명된 곳: http://www.chem.ucla.edu/~bacher/General/30BL/tips/TLC1.html

극성(polar) 화합물: 100% EtOAc, 5% MeOH/dichloromethane
보통의 화합물: 10-50% EtOAc/Hexane
무극성(nonpolar) 화합물: 5% EtOAc/hexane, 5% ether/hexane, 100% hexane
  1. 어떤 용매조건에서 출발물질(반응물)이 0.3-0.4 의 Rf 값을 가질 수 있는지 대략 계산한다. (위 극성/무극성 조건 참고하여 시작)
  2. TLC 챔버(chamber) 에 약 0.5cm 의 용매(혹은 혼합용매)를 채운다.
  3. TLC 판(plate)에 (1.5-2cm 넓이에 5cm 높이가 적당한 크기) 아래로부터 0.5cm 이상의 위치에(용매가 담긴 챔버에 TLC판을 담갔을때 점이 용매에 접촉하지 않도록) 수평으로 3개의 점(spot)을 찍는다. - 만약 출발 물질이 2개 이상이라면 3개 이상의 점이 필요하다.
  4. 모세유리관(capillary pippet or tube)으로 출발물질(반응혼합물 정도로 희석된)을 맨 왼쪽과 가운데 점에 점적한다(찍는다). 이 점은 주위의 점과 닿지 않도록 충분히 작게 찍는 것이 좋다.
  5. 역시 모세관으로 반응혼합물의 점을 가운데(linkto-TLC note:cospot)와 가장 오른쪽에 찍는다.
  6. TLC판을 용매가 담긴 챔버에 넣어 거의 꼭대기까지 그러나 TLC 판의 가장 꼭대기까지 가지는 않도록 전개한다.
  7. UV 램프를 쬐어 관찰하며 연필로 전개된 점의 테두리에 연필로 표시한다. (보통 동그라미 혹은 얇은 타원형이거나 화합물이 끌려 올라간 경우 꼬리가 생긴다)
  8. 용매가 사라질 때까지 TLC판을 공기중이나 hot plate에서 건조한다.
  9. 적당한 발색시약(착색시약;TLC stain)에 담그고 hot plate에서 가열한다. 화합물에 알맞는 발색시약을 찾기 위해 여러번 시도해야할 때도 있다. (팁: 뜨거운 TLC 판을 KMnO4 발색시약에 담그는 것은 좋지 않지만,  anisaldehyde 시약에 담그는 것은 괜찮다)
see also
Thin Layer Chromatography (TLC) Notes
Troubleschooting: Thin Layer Chromatography (TLC)
linkto-Chromatography Notes

The orginal text of this page is from Not Voodoo (Demystifying Synthetic Organic Laboratory Technique), and translated into Korean by Minseok Kwak.
이 페이지의 본래 내용은 위의 사이트에서 가져왔으며, 단지 이해가 쉽도록 몇가지 용어를 바꿔가며 한글로 해석하였습니다.
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Not Voodoo 에서 가져온 유기(합성)화학 에 관한 전체 list

The Cospots

  반응을 관찰할때 사용되는 TLC에는 보통 3개의 점이 있는데, 반응물(출발물질), 반응혼합물, 그리고 출발물질의 점 위에 그대로 반응 혼합물을 찍은 cospot이다.
  Cospot은 반응물과 반응혼합물이 비슷한 Rf값을 가지고 있는 반응을 관찰할 때 중요한데, 어떤 경우에는 반응혼합물이 chromatography 내에서 출발물질에 영향을 미치기 때문이다.
  출발물질이 사라진 것 처럼 보이지만, 실제로 반응조건하에서 단지 TLC상에서만 다르게 보일 수 있다. 이러한 경우 cospot에 의해 쉽게 확인할 수 있다.

Preparatory TLC (예비 TLC)
  두꺼운 실리카 레이어를 가진 full-size 의 TLC 판이 TLC를 이용한 예비 분리에 쓰인다.
  1. 100mg 이상의 분리하고자 하는 물질을 TLC판의 아랫 쪽에 수평으로 로딩하고 알맞은 용매로 전개한다.
  2. Product(생성물)는 UV를 쬐어주어 연필로 표시한다.
  3. Product가 있는 부분의 silica를 면도날로 긁어낸다.
  4. 긁어낸 실리카를 fritted funnel (glass 필터)에 모아 극성용매(EtOAc 등)로 씻어주어 순수한 product를 분리해 낸다.
Solvent Systems: linkto-Notes on Column Chromatography

Visualization Methods (Including TLC Stains/Dips)
  • Ultraviolet: 이중결합으로 conjugated 된 화합물의 경우, UV 램프(254/365nm)를 쬐어 TLC 판을 관찰한다.
  • 요오드(Iodine): 잘게 부순 요오드와 흔든 다음, 요오드 착색을 제거하기 위해 TLC판을 가열한다. 액체 착색(혹은 발색)시약도 보통 가열하여 시약을 제거한다.
  • Anisaldehyde (carbonyl 화합물에 좋음)
    1. EtOH(200mL); H2SO4(10mL); p-anisaldehyde (10mL)
    2. EtOH(250mL); H2SO4(2.5mL); p-anisaldehyde (15mL)
    3. EtOH(425mL); H2SO4(16mL); p-anisaldehyde (8-12mL); HOAc(5mL)
      : p-anisaldehyde를 제외하고 모두 섞어준 후에, 실온으로 식힌 다음 넣고 냉장보관한다.
  • Ceric Ammonium Molybdate (hydroxy 화합물에 탁월)
    1. Ce(SO4)2 (Cerium sulfate: 5.0g); (NH4)6Mo7O24.4H2O (ammonium molybdate: 25.0g); conc. H2SO4 (50mL); H2O (450mL)
    2. Ce(NH4)4(SO4)4.2H2O (ceric ammonium sulfate: 4.0g); ammonium molybdate (10g); conc. H2SO4 (40mL); H2O (360mL)
    3. Ceric ammonium sulfate (0.5g); ammonium molybdate (12g); conc. H2SO4 (15mL); H2O (235mL)
  • Ninhydrin (amine 화합물에 탁월): ninhydrin(0.3g)을 n-butanol(100ml)에 녹이고 AcOH(3mL)를 가한다.
  • Phosphomolybdic Acid (일반적으로 유용): 10% in EtOH
  • Potassium Permanganate (일반적으로 유용):
  1. KMnO4 (1g); Na2CO3 (2g); H2O (100mL)
  2. KMnO4 (3g); K2CO3 (20g); 5% NaOH (5mL); H2O (300mL)

구입할 수 있는 TLC 판
  Silica gel, alumina, reverse-phase silica gel, large plates for preparatory scale.

see also
Troubleshooting Thin Layer Chromatography
The Comprehensive page (including trouble shooting)
TLC How to

The orginal text of this page is from Not Voodoo (Demystifying Synthetic Organic Laboratory Technique), and translated into Korean by Minseok Kwak.
이 페이지의 본래 내용은 위의 사이트에서 가져왔으며, 단지 이해가 쉽도록 몇가지 용어를 바꿔가며 한글로 해석하였습니다.
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Posted by k3mi5t
:
from iMass


Here are a few periodic tables which are from.

쓸만한 주기율표 들이다. 괜찮은 것들을 빨간색으로 추천.
맨 아래 있는 파일에서는 각 원소기호에 관한 이야기나 자세한 정보를 볼 수 있다.

  • Webelements
    • element name, atomic number, atomic weight (mean relative mass)


  • IUPAC
    • atomic number, name, standard atomic weight


  • nysedregents.org recommended
    • atomic mass, atomic number, electron configuration, selected oxidation states


  • Los Alamos National Laboratory (color and Black/White) recommended
    • atomic number, name, atomic mass, electron configuration on outmost-shell, state in room temperature
    • periodic table and detailed story about each element.

Posted by k3mi5t
:

1H-NMR

13C-NMR

Above tables were from Gottlieb et al. J. Org. Chem., 1997, 62, 7512.

Posted by k3mi5t
:
PICTOGRAMS AND HAZARD CODES
B Biohazard
F Highly Flammable
F+ Extremely Flammable
O Oxidizing
C Corrosive
Xn Harmful
Xi Irritant
R Radioactive
E Explosive N
Dangerous for the
environment
T Toxic
T+ Very Toxic
Posted by k3mi5t
:

Ethers by reaction of alkyl halides with alkoxides  1851

사용자 삽입 이미지

    W. Williamson 의 이름을 따른 반응으로 unsymmetric ether (3)를 만드는데 가장 중요한 방법이다. Ether를 만들기 위해 alkoxide나 phenoxide (1) 가 alkyl halide(이하 R'X) 2 (R'=alkyl, allyl, benzyl)와 반응한다. Symmetrical ether 역시 이 방법으로 합성할 수 있으나 다른 방법들 역시 가능하다.
    고전적인 Williamson synthesis에서 alcohol이 처음에 sodium이나 pottasium과 반응하여 alkoxide를 만든다. 그밖에 alkali hydroxide나 amide를 alcohol에서 수소를 떼어내는 데 사용할 수 있다. Phenol은 더욱 산성이므로 acetone에서 alkali hydroxide나 K2CO3에 의해 phenoxide로 전환될 수 있다.
    거의 모든 경우에 alkoxide나 phenoxide (1)는 R'X와 이분자 친핵성 치환 메카니즘(bimolecular nucleophilic substitution mechanism)을 따른다.
    Secondary 혹은 tertiary alkyl halide에서 E2-elimination 반응이 side reaction 으로 관찰된다.  R'X 반응물로는 iodide 를 가장 널리 이용하는데, 그 이유는 alkyl iodide가 동일한 bromide 나 chloride 보다 훨씬 반응성이 좋기 때문이다. Phenoxide 가 nuceophile로 작용하여 경쟁반응인 C-alkylation이 일어난다. O-alkylation과 C-alkylation의 비율은 사용한 용매에 의해 확실히 결정된다. 예로 benzylbromide 4 와 β-naphth-oxide 5 를 N,N-dimethylformamide (DMF) 용매에서 반응 시켰을 경우 전적으로 β-naphthyl benzylether 6 가 생성되는 반면, H2O를 용매로 사용하였을 경우 중간체 7 을 통해 C-benzylated 화합물인 1-benzyl-2-naphtol 8 을 major product 로 얻을 수 있다.
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    불활성 용매인 benzene, toluene, xylene 혹은 alkoxide를 얻을 수 있는 alcohol 등이 종종 용매로 사용된다. DMF 나 DMSO (dimethyl sulfoxide) 와 같은 dipolar aprotic solvent 를 사용할때, 반응이 높은 효율로 진행된다.
    Alkyl halide, alkyl tosylate 혹은 dialkyl sulfate 를 대부분의 경우 alkylating agent로 이용한다; dialkyl sulfate의 경우 dimethyl sulfate나 dialkyl sulfate 를 사용하여 각각 methyl ether나 ethyl ether 의 합성에 자주 이용한다. Dimethyl sulfate는 뛰어난 methylating agent이지만 매우 유독성인 동시에 발암물질이기도 하다.
    Williamson ether synthesis의 변형은 thallium alkoxides를 이용한다. Thallium alkoxides는 높은 반응성을 가져 diol, triol, hydroxy carboxylic acids 그리고 sec- tert- alcohol들로 부터 ether를 합성하는데 유용하지만, 반면에 탈륨 화합물은 무척이나 유독성이다.
사용자 삽입 이미지

    Diaryl esther -e.g. diphenyl eher 9- 를 합성하기 위한 변형인 Ullmann ether synthesis 에서는 aryl halide 와  phenoxide를 copper 나 copper iodide (I) salt  와 함께 반응시킨다.

Posted by k3mi5t
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Posted by k3mi5t
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  WMF is one of clipart formats.
  This vector image can be used in presentation program (e.g. MS-powerpoint) or graphic tools (e.g. adobe illustrator)
  There are two types in these files, one is 2-dimensional(2D) and the other is 3-dimensional(3D).

  When you download above files,  please leave a comment for notice and feedback.
Posted by k3mi5t
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