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  2. 2006.09.18 Electrophoresis
  3. 2006.09.15 Investment for the future 2
  4. 2006.09.11 자전거 타다 넘어지다 2
  5. 2006.09.09 Useful in your working space
  6. 2006.09.07 Stay hungry, stay foolish 2
  7. 2006.09.03 독일의 와인 * Mainz Weinmarkt 4
  8. 2006.08.27 MacBook for Minseok 4
  9. 2006.08.26 자신의 입냄새를 측정해 보아요~!
  10. 2006.08.24 이동전화 해지
  11. 2006.08.22 NMR shifts of common solvents (1H and 13C) 2
  12. 2006.08.20 Rhein Panorama 2
  13. 2006.08.16 8.15 광복절 6
  14. 2006.08.14 Coronene Brötchen 4
  15. 2006.08.13 Mainz Linienplan 2006
  16. 2006.08.08 A trip along Rhein valley
  17. 2006.08.07 Mainz 위치
  18. 2006.07.27 Junk beer 4
  19. 2006.07.25 PICTOGRAMS AND HAZARD CODES 1
  20. 2006.07.25 My hood and seat in the Lab 2

PCR product purification

Biology 2006. 9. 18. 04:10 |

마이크로 피펫과의 기나긴 한판 승부!!



Posted by k3mi5t
:

Electrophoresis

Biology 2006. 9. 18. 03:54 |


Agarose gel electrophoresis is a method used in molecular biology to separate DNA strands by size, and to estimate the size of the separated strands by comparison to known fragments (DNA ladder). This is achieved by pulling negatively charged DNA molecules through an agarose matrix with an electric field. Shorter molecules move faster than longer ones.

* 1x TAE 용액은 먼저 50x 용액을 제조한 다음 희석해서 쓴다. 50x TAE 1 liter를 제조하기 위해서는 Tris 242 g, glacial acetic 57.1 ml, 0.5 M EDTA, pH 8.0 100 ml를 녹여 증류수로 1 liter까지 채운다.

* 전기영동 tank와 gel은 동일한 전기영동 완충액을 사용해야 한다. 이온강도 또는 pH에 약간의 차이만 있어도 DNA 조각의 이동속도에 크게 영향을 주기 때문이다.

3. Microwave oven를 이용하여 agarose가 녹을 때까지 서서히 가열한다.


처음에는 녹지 않지만 녹은 후에는 투명하게 된다.




Electrophoresis buffer solution

Electrophoresis를 할 때 gel이 잠기는 buffer solution에는 여러가지가 있으나 주로 TAE와 TBE가 많이 쓰입니다. TAE는 주로 agarose electrophorsis에, TBE 는 DNA sequencing에 쓰입니다. 조성은 다음과 같으며 대량을 쓰므로 미리 많이 만들어놓고 필요할 때마다 희석해서 부어서 씁니다.

Commonly used electrophoresis buffers
BufferConcentrated stock solution (per liter)

Tris-acetate (TAE)50x
242 g Tris base
57.1 ml glacial acetic acid
100 ml 0.5 M EDTA (pH 8.0)
Generally used for agarose EP
Tris-borate (TBE)20x
121.1 g Tris base
61.7 g boric acid
7.44 g Na2EDTA-2H2O
Generally used for DNA sequencing

Gel loading buffer

그리고 DNA 시료를 담는 loading buffer가 필요합니다. 이 buffer는 분자량이 큰 glycerol 등 무거운 물질이 함유되어 있어서 DNA가 든 시료를 gel 속에 잘 가라앉히고, 파란색을 내는 bromophenol blue가 들어 있어서 electrophoresis하는 동안에 현재 어느 정도 진행되어 있나 눈으로 보아 알 수 있게 해 줍니다. 다음과 같은 몇몇 종류가 쓰입니다.

Gel loading buffers (6x)

[#M_Agarose Gel Electophoresis (Korean)|less..|

I

0.25% bromophenol blue
0.25% xylene cyanol FF
40%(w/v) sucrose in water

II

0.25% bromophenol blue
0.25% xylene cyanol FF
15% Ficoll(Type 400) in water

III

0.25% bromophenol blue
0.25% xylene cyanol FF
30% glycerol in water

IV

0.25% bromophenol blue
40%(w/v) sucrose in water

4. 용액을 60°C까지 식힌다. 필요하면 ethidium bromide를 최종농도 0.5 μg/ml이 되도록 가하고 잘 혼합한다.

* Ethidium bromide(EtBr)은 DNA 염기 사이로 끼어드는 평면구조를 가진 그룹을 지니고 있어서 이 그룹이 DNA 염기에 결합하면 유리형의 ethidium bromide보다 형광이 증가된다. 파장 254 nm에서의 자외선은 DNA에 흡수되어 이 색소에 전달되고 파장이 302 nm와 366 nm에서는 색소 자체에 자외선이 흡수되어 590 nm의 주황색 형광 가시광선을 내게 된다. Ethidium bromide는 한가닥과 쌍가닥 DNA및 RNA 검색에 모두 사용할 수 있으나 염료의 친화성이 외가닥에서보다 쌍가닥에서 더 강하다.

* Ethidium bromide 원액은 증류수에 10 mg/ml로 녹아 있는 용액으로, 이 용액의 보관은 빛이 차단된 용기에 담아서 실온에 보관한다. 이 원액을 0.5 μg/μl로 희석해 두고 이를 gel에 혼합한다.

* 주의: Ethidium bromide는 강력한 발암물질이고 독성을 지니므로 이 염색액을 다룰 때에는 반드시 비닐장갑을 사용한다. 사용 후에 이 용액은 정화한 후 버려야 한다.

5. Comb을 agarose를 모두 부었을 때 주형의 밑바닥으로부터 0.5∼1.0 mm정도 떨어져서 위치하여 홈을 형성할 수 있도록 고정시킨다.

6. 따뜻한 agarose 용액을 주형에 붇는다. Gel은 3∼5 mm 두께가 되도록 하고 기포가 생기지 않도록 주의한다.

7. 실온에서 20∼30분 두어 gel이 완전히 굳은 후 comb과 테이프를 조심스럽게 제거한 다음 gel을 전기영동 tank안에 설치한다.

* 0.5% 이하인 낮은 농도를 가진, 낮은 온도에서 녹는 agarose로 제조한 gel은 4°C 이하에서 굳힌 다음 냉장실에서 전기영동해야 한다.

8. Gel을 1 mm 정도의 두께로 덮을 수 있을 정도로 충분한 양의 전기영동 완충용액(1x TAE)을 가한다.

9. DNA 시료를 전기영동용 loading 완충용액과 혼합한 후 pipette을 이용하여 잠겨있는 gel의 홈에 혼합액을 조심스럽게 가한다.

* 전기영동용 loading 완충용액은 보통 6x로 제조하여 사용한다. 여러가지 종류가 있는데 우리 실험실에서는 type II (0.25% bromophenol blue, 0.25% xylene cyanol FF, 15% Ficoll[type 400, Pharmacia]을 증류수에 녹인 것. Ficoll이 잘 안녹으므로 50°C에 약 1시간 두어 녹인다)를 쓴다. 만약 DNA 용액이 20 μl이면 6x 용액을 4 μl 첨가하면 된다.

* 전기영동할 수 있는 DNA의 최고량은 DNA의 크기나 조각의 수에 따라 달라지며, ethidium bromide로 염색하여 사진상으로 판독할 수 있는 최소량은 0.5 cm 넓이(일반적으로 사용되는 넓이)의 홈 하나당 2 ng 정도라고 한다. 0.5 cm 넓이의 홈에 DNA가 500 ng이상 존재하면 DNA 양이 너무 많아서 DNA 띠가 끌려 선명치 않게 나타나며, 이 현상은 DNA 크기가 클수록 심해진다. 보통 DNA 분자는 0.5 cm 홈 하나당 100∼200 ng이면 분석 가능하다. 시료가 여러가지 다른 크기로 된 많은 DNA 조각들로 구성되어 있을 때(예: genomic DNA를 제한 효소로 절단할 때) 홈당 20∼30 μl의 DNA를 가하여 분석할 수 있다.

* 한 홈에 가할 수 있는 최대부피는 홈의 3차원적 크기에 따라 결정된다. 예를 들면 일반적으로 사용되는 0.5 cm x 0.5 cm x 0.15 cm의 홈에는 37.5 μl를 가할 수 있다. 그러나, 옆의 홈에 가한 시료와 혼합되는 것을 막기 위하여 gel을 좀 더 두껍게 제조하거나 DNA를 에탄올로 침전시켜 DNA 부피를 줄여서 가하는 것이 좋다.

* 시판되는 알려진 크기의 표준 DNA를 크기 표식자를 같이 전기영동하여 모르는 DNA의 크기를 측정할 수 있다. 크기의 비교가 가능한 것은 linear DNA임을 주의한다. 주로 많이 사용되는 표식자에는 1 kb ladder, 123 bp ladder, λ Hind III ladder(전기영동 패턴 보기) 등이 있다.

10. Gel tank의 뚜껑을 닫고 DNA가 양극 쪽으로 이동해갈 수 있도록 양극에 빨간 도선을, 음극에 검정 도선을 연결하고, 전극간의 거리 1 cm당 1∼5 V의 전압을 가한다.

* 전기영동을 시작하면 전기분해에 의하여 양극과 음극에서 기포가 발생하고 시약에 섞인 염료가 홈으로부터 이동해가는 것이 보인다. Bromophenol blue와 xylene cyanol FF가 적당한 거리만큼 이동해갈 때까지 전기영동을 시행한다.

* 전기영동하는 동안 ethidium bromide는 음극 쪽으로(DNA와 반대 방향으로) 이동해 가므로 오랫동안 전기영동을 하면 ethidium bromide는 gel에서 모두 빠지게 되어 작은 DNA 조각을 감지하기가 어렵게 된다. 이렇게 되는 경우에는 gel을 ethidium bromide가 0.5 μg/ml 포함된 증류수나 1x TAE 용액에 30∼45분간 담가 염색하였다가 관찰하면 된다.

* Gel에 ethidium bromide가 함유되어 있으면 전기영동하는 동안 어느 시기에나 자외선하에서 관찰이 가능하다. 그러나, gel에 ethidium bromide를 함유시키지 않고 전기영동한 후 gel을 ethidium bromide가 0.5 μg/ml 포함된 용액에 30~45분간 더 염색하였다가 관찰하는 것이 더 선명한 DNA 띠를 관찰할 수 있다는 이유로 후자를 선호하는 실험자들도 있다. 이 때 탈색 과정은 보통 필요치 않으나, 10 ng 이하의 적은 양의 DNA를 검출할 때에는 결합하지 않은 ethidium bromide가 gel에 묻어 있으면 바탕이 흐려 보이므로 증류수나 1mM MgSO4에 담가 실온에서 20분간 탈색하면 DNA를 더 선명하게 관찰할 수 있다.

11. 전기영동이 끝나면 전기를 끄고 도선을 제거한 후 gel tank의 뚜껑을 연 다음 gel을 자외선하에서 관찰하고 촬영한다.

자료 출처: http://biochemistry.yonsei.ac.kr/biochem_workshop/protocol.php


위 설명의 사진은 연세대학교 생화학교실에서 가져왔으나, 위험한 시약들을 장갑을 끼지 않고 다루고 있어 보는 사람의 마음을 불편하게 만든다.

WIKI: http://en.wikipedia.org/wiki/Agarose_gel_electrophoresis



Posted by k3mi5t
:

Investment for the future

Diary 2006. 9. 15. 00:50 |
좋지 않은 형편, 학생신분에도 불구하고 무리해서 구입한 맥북.

메일 열어두고 워드 치면서 논문 좀 찾으면, swap이 1기가나 생기며 컴이 너무 버벅거려서 더 무리해서 램 업글해버렸다.

2009년까지 열심히 사용하고 공부 열심히 해서 좋은 결과 얻으면 본전 뽑는거지 뭐.

시작 단계인 나에게는 곧 '미래를 위한 투자'다.


conrad.de 에서 구입한 메모리는 tyrex(?) 제조 DDR2 667MHz 1024MB 램인데, 거의 2주만에 도착했다. 이젠 놀랄일도 아니다 흐흐..
Posted by k3mi5t
:

자전거 타다 넘어지다

Life in DE 2006. 9. 11. 05:13 |
지난 금요일, 아침에 연구소 출근하는데..

날씨도 시원하고 하늘도 맑고 게다가 자전거까지 너무 잘나가는 것이다.

Gonsenheim에서 Mainzer Str.로 가는 내리막길(공사중이라 차가 한대도 안다님)에서 스피드를 만끽하다가.. 차가 다니는 교차로에 거의 다 온 관계로 건널목 쪽으로 올라서다, 보도블럭에 튀어나온 턱을 비스듬이 넘으려 시도한것!

앞바퀴가 턱! 걸려서 내 몸은 앞으로 내동댕이 쳐졌는데, 손으로 짚고 오른쪽으로 구르며 낙법(?) 시도;;

그 결과..
찰과상: 왼손 손바닥, 오른손 손바닥 약간, 오른쪽 팔꿈치, 오른쪽 무릎, 오른쪽 골반.
타박상: 오른쪽 골반.

끄응~ 하며 일어나는데 지나가던 아주머니가 괜찮냐며 걱정스러운 눈빛으로 쳐다보더라..

곤젠하이머 호프 앞 사거리의 차들이 나를 구경하느라 잠시 멈칫!

자전거는 별 이상 없고, 피를 티슈로 좀 닦은 후에, 연구소 도착해서 피크리(같은 실험실 학생 - 내 사수)에게 가서 소독해달라고 했다.

집에서 계속 연고 바르고 있는데, 주말 내내 머리도 못감고 설겆이도 못했다 ㅠ.ㅜ


장갑이나 헬멧 구입해야 되려나? 요즘 스쿠터가 많이많이 땡기고 있다.
Posted by k3mi5t
:

Useful in your working space

Clip 2006. 9. 9. 16:09 |
  • [Mac] iTunes 에서 한글 태그가 깨질 때 ( OS X - Tiger, 언어옵션 English - 한글 순)
ㅇ 일단 아래 있는 gura Unzip으로 음악파일의 압축을 풀면 파일이름이 정상으로 보임.
ㅇ  iTunes 어플리케이션의 Show Package Contents 로 들어가서 Contents/Resource/ 폴더의 English.lproj 를 압축해놓고(백업차원) 지워 버린다.
ㅇ  태그에 문제가 있는 파일들을 iTunes에서 선택하여 우클릭 - ID3 태그 변환... 메뉴 선택하고 1. 텍스트문자변환 - 유니코드 복귀, 2. 텍스트문자변환 - ASCII를 ISO Larin-1로 순으로 만져준다.  그러면 깨졌던 ID3 태그의 변환 완료.

  • [Mac] 한글 zip파일도 안깨지는 gura 님의 cocoa 프로그램
File Type: zip zipGUI.zip (29.1 KB, 26 views)
File Type: zip UnzipGUI.zip (29.7 KB, 30 views)

  • Mozilla Firefox plugin for cyworld : 모질라에서 싸이월드 할때는 이 플러그인 인스톨
http://www.math.gatech.edu/~sangil/cyworldworkaround/

Posted by k3mi5t
:

Stay hungry, stay foolish

Clip 2006. 9. 7. 01:43 |
'You've got to find what you love,' Jobs says

This is the text of the Commencement address by Steve Jobs, CEO ofApple Computer and of Pixar Animation Studios, delivered on June 12,2005.

Can't display this flash media

I am honored to be with you today at your commencement from one of the finest universities in the world.
먼저 세계 최고의 명문으로 꼽히는 이 곳에서 여러분들의 졸업식에 참석하게 된 것을 영광으로 생각합니다.
I never graduated from college. Truth be told, this is the closest I’ve ever gotten to a college graduation.
저는 대학을 졸업하지 못했습니다. 태어나서 대학교 졸업식을 이렇게 가까이서 보는 것은 처음이네요.
Today I want to tell you three stories from my life. That’s it. No big deal. Just three stories.
오늘, 저는 여러분께 제가 살아오면서 겪었던 세 가지 이야기를 해볼까 합니다. 별로 대단한 이야기는 아니구요. 딱 세가지만요


Posted by k3mi5t
:

독일의 와인 * Mainz Weinmarkt

Life in DE 2006. 9. 3. 06:59 |

낮에 시내에 갔다가 이 시기에만 마실 수 있는 페더바이써(Federweisser)를 사왔다.
와인을 만들기 위해 술을 담갔지만 완전히 숙성되기 전에 주스처럼 먹는 와인이다.
발효되는 중이라 병을 열어 놓은 채로 파는데, 끊임없이 기포가 올라오고.. 색깔은 막걸리처럼 탁하다.
맛은 사과주스, 빛깔은 바이쩬비어, 알콜도수는 와인이라고 한다.
가격은 단돈 2.10유로! 이동네는 화이트 와인이 유명한데, 10유로 넘는 와인 찾아보기 힘들다.

Federweisser mit Trauben, Kaese und Neue Weinglaeser

우리집 식탁

이 와인글라스들은 마인츠에 있는 커다란 SCHOTT 공장 아웃렛에서 한잔에 거금 5유로를 주고 구입했는데, 낮에 백화점에 갔더니 똑같은건 아니지만 20~30 유로에 팔더라. (SCHOTT 는 실험할때 보통 사용하는 round-bottomed flask에서 쉽게 볼 수 있는 brand이다.)

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자..  지난 주에 갔던 마인츠 와인마켓(페스티벌) 사진과 간단한 설명 나간다.

저 깃발이 마인츠 상징

마인츠 와인 페스티벌 입구 (폴크스 파크)



음식 파는데는 사람 더 많다

사람도 간만에 붐벼주시고..



사람이 아니라 차가 주인공

이동네 클래식카 전시회도 있었다.



우우~ 시시해 이 놀이기구;;

독일은 축제나 무슨 일 있을 때마다 이동식 놀이기구가 오는것이 인상적..


큰 우산이 갖고싶어요 -.-

오랜만에 시끌벅적한 놀거리에 비가와도 사람들은 자리를 뜨지 않는다.


Posted by k3mi5t
:

MacBook for Minseok

Diary 2006. 8. 27. 19:06 |

MacBook 1.83GHz



공부좀 하려했더니 랩탑이 필요하더라..
전부터 눈독 들였던 MacBook을 가장 싼넘으로 구입했는데..
윈도도 깔 수 있다지만 MacOS로 그냥 쓰기로 했다.
office 와 논문 searching에만 충실하게 사용할 생각!

Keyboard in German


그러나 독일어 키보드는 나를 가슴아프게 한다 T.T
적응되려면 시간좀 걸릴듯 -_-a

[#M_||
Posted by k3mi5t
:

자신의 입냄새를 측정해 보아요~!

Clip 2006. 8. 26. 05:44 |
리플이 압권!!


직접 해보면 ㅂㅌ
Posted by k3mi5t
:

이동전화 해지

Diary 2006. 8. 24. 18:55 |
1998년 10월 제대를 1개월도 안남겨두고 말년휴가를 나가 알바를 해서 핸드폰을 샀다.
왜 휴가때 알바를 했냐면.. 제대하기 1달쯤 전에 당시 사귀던 여친한테 이별을 통보받았는데, 휴가 나가니 막상 할 일이 없더라구..
아무튼, 번호는 017-244-0393. 까만 삼성 폰이었다.
부대에 복귀해서 자랑하던 기억이 있는데, 전화번호를 아는 사람도 거의 없고 해서 다른 졸병을 시켜 공중전화에서 전화좀 해달라고 한 적도 있었다;;;;


몇개는 잃어버리고 몇개는 고장나서 못쓰게되고 해서...
삼성,엘지,에스케이.. 얻어서 쓴 도끼폰까지 5개쯤 바꾸었나?

번호 하나로 만 7년 넘게 사용한 017, 이젠 없는 번호가 되었다.
아버지 명의로 가입해서 약 30%가량 복지할인도 받고 좋았는데 아쉽다.
안녕! 공일칠 이사사 공삼구삼~

그러고보니.. 12~3년 전 쓰던 삐삐번호는 아마 012-334-0393 이었지? 호출기는 3개쯤 써본 것 같다. 은선이 책상에 보면 그때 사용하던 파나소닉 삐삐가 아직도.. ㅋㅋ

내가 독일에 적응하는 만큼, 한국에 있던 내 자취가 하나씩 사라져간다.
Posted by k3mi5t
:

NMR shifts of common solvents (1H and 13C)

Chemistry/for chemists 2006. 8. 22. 22:00 |

1H-NMR

13C-NMR

Above tables were from Gottlieb et al. J. Org. Chem., 1997, 62, 7512.

Posted by k3mi5t
:

Rhein Panorama

Photolog 2006. 8. 20. 07:29 |
panorama


성에서 파노라마(5장을 합쳤음)라고 찍어보았는데..
panorama factory 라는 프로그램으로 합치니 티가 무지 난다..
Posted by k3mi5t
:

8.15 광복절

Diary 2006. 8. 16. 05:54 |


독일와서 처음으로 10시 가까이 실험하고 집에 와서 저녁을 먹고나니..

오늘이 광복절이었던 것이 생각났다.

아아!! 그래서 오전에 MSN 켰을 때, 사람들이 없었구나..

ㅜ.ㅡ 광복절인데 놀지도 못하고;;;

P.S. 구글에는 무궁화 꽃이 피었더라~
Posted by k3mi5t
:

Coronene Brötchen

Photolog 2006. 8. 14. 00:32 |

레알 빵집에서 산 빵.
코로넨 모양이다 ㅎㅎ

Broetchen from Real

Posted by k3mi5t
:

Mainz Linienplan 2006

Life in DE 2006. 8. 13. 10:48 |

PDF and GIF files from http://www.mvg-mainz.de/

마인츠의 2006년 대중교통 지도
Posted by k3mi5t
:

A trip along Rhein valley

Photolog 2006. 8. 8. 05:56 |
Mainz - Boppard - Koblenz (7/29-30)
원준형이 마인츠까지 와준 덕분에 우리들 좋은 시간 보냈다 ^_^


봅파르트의 강변에 늘어선 호텔과 음식점

Boppard

reverside of Boppard



코블렌츠의 성

koblenz
Posted by k3mi5t
:

Mainz 위치

Life in DE 2006. 8. 7. 06:19 |

마인츠 위치
Rheinland Pfalz 주의 州都이며 프랑크푸르트 국제공항에서 매우 가깝다.
독일 오실 분들은 참고하세요!

Posted by k3mi5t
:

Junk beer

Liquor/beer 2006. 7. 27. 18:20 |
알디막에서 산 불량식품 맥주. 이름 알고 싶지도 않다!
몇주전 6병 샀는데 냉장고에 아직도 2병이 남아있다.
여간해서는 한병 다 마시기가 힘들더라;;

Junk beer from ALDI

Posted by k3mi5t
:

PICTOGRAMS AND HAZARD CODES

Chemistry/for chemists 2006. 7. 25. 19:05 |
PICTOGRAMS AND HAZARD CODES
B Biohazard
F Highly Flammable
F+ Extremely Flammable
O Oxidizing
C Corrosive
Xn Harmful
Xi Irritant
R Radioactive
E Explosive N
Dangerous for the
environment
T Toxic
T+ Very Toxic
Posted by k3mi5t
:

My hood and seat in the Lab

Photolog 2006. 7. 25. 17:03 |
내 후드랑 실험실에 있는 책상이다.
실험외에 공부하고 일하는 오피스를 구해야 하는데 이 그룹에 사람이 많아 한두달 내로 구할 수 있을 지 모르겠다.

Vacuum/Ar glassware 수리 맡기고 공사 밑 셋팅중;; 처음에 청소하다 너무 더러워 오바이트 할뻔 했다.



옆에 액체질소통이 가끔 숨을 쉰다 -o- 그럴땐 깜짝!!


Posted by k3mi5t
:
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